在「JCVI教程」编码序列或蛋白序列运行共线性分析流程（上）还是有一个尴尬的事情，就是只用到两个物种，不能展示出JCVI画图的方便之处，因此这里参考https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)的分析，只不过画图部分拓展下思路。 首先要运行如下代码获取目的数据 python -m jcvi.apps.fetch p

本教程借鉴https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version). 我们先从http://plants.ensembl.org/index.html选择两个物种做分析, 这里选择的就是前两个物种，也就是拟南芥和水稻（得亏没有小麦和玉米） 选择物种 我们下载它的GFF文件，cdna序列和蛋白序列 #A

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。 该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 这一篇文章教大家如何利用JCVI里面的工具绘制点图，展现两个物种之间的共线性关系。 在分析之前，你需要从PhytozomeV11 下载A.thaliana和Alyrata的CDS序列，保证文件夹里有如下内容 Al

这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。 该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 fetch模块里封装了好几个数据库的下载方式 bisect: 搜索给定accession的版本，（目前没想到怎么用）ensembl: 从ENSEMBL上下载基因组和注释entrez: 从ENTREZ里获取记录phy

JCVI的使用基本格式为python -m jcvi.模块.子功能 实际操作，因此了解JCVI的模块能够帮助我们去找到需要的功能。根据JCVI的源代码，我们可以知道它目前一共有10个模块，如下 algorithms: 算法模块 algorithms annotation: 注释模块 annotation assembly: 组装模块 assemb

JCVI是利用Python编写的，能用于基因组组装、注释和比较基因组学分析。之前写过几篇介绍它的使用，这篇单独介绍它的安装。此外，虽然JCVI最早是由Python2编写，但是目前基本上已经迁移到Python3。 先提供最简单的conda安装方法，也就是conda create -c bioconda -n jcvi jcvi, 新建一个JCVI环境用于安装JCVI，之后通过conda activ

通常，大家会问我们经过了NR注释，SwissProt注释，那么如何进行，如何挑选最佳比对结果？ 同理，存在一个问题，如何挑选最佳的blast比对结果？什么事最优的同源序列？ 唐海宝老师开发的工具jcvi（jcvi.formats.blast）解决了这一问题，基本上jcvi等价于MCscan。 01 安装 普通安装需要安装许多依赖，由于服务器等配置不能轻易修改，所以我们采用最便捷的方

JCVI的使用基本格式为python -m jcvi.模块.子功能 实际操作，因此了解JCVI的模块能够帮助我们去找到需要的功能。根据JCVI的源代码，我们可以知道它目前一共有10个模块，如下 algorithms: 算法模块 algorithms annotation: 注释模块 annotation assembly: 组装模块 assemb