「JCVI教程」如何在Linux下安装JCVI

JCVI是利用Python编写的，能用于基因组组装、注释和比较基因组学分析。之前写过几篇介绍它的使用，这篇单独介绍它的安装。此外，虽然JCVI最早是由Python2编写，但是目前基本上已经迁移到Python3。

先提供最简单的conda安装方法，也就是conda create -c bioconda -n jcvi jcvi, 新建一个JCVI环境用于安装JCVI，之后通过conda activate jcvi的方式启动JCVI环境。下面介绍如何手动安装JCVI

后续的所有安装都会建立在没有root权限，以普通用户进行安装的前提下。因此，请在环境变量PATH中加入~/.loca/bin,之后的软件都会自动地安装在这个目录下。

首先，让我们安装一个Python3.5.6(这是一个我个人比较喜欢Python版本)

wget https://www.python.org/ftp/python/3.5.6/Python-3.5.6.tgz
tar xf Python-3.5.6.tgz
cd Python-3.5.6
./configure --prefix=$HOME/.local
make -j 20 && make install

然后安装pip

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
python3 get-pip.py

如果pip安装失败，参考如何解决pip安装时出现的ssl certificate报错

接着，JCVI既可以从PyPI上下载，也可以在GitHub上安装，两种区别在于GitHub上相对比较新，而PyPI则是在软件相对稳定后才会发布。无论是哪种方式，都可以直接用pip install安装，

# from pypi
pip2 install --user jcvi
# from github
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip2 install --user ./jcvi

最后，还需要至少安装如下三个工具

• Kent tools
• BEDTOOLS
• EMBOSS

此外不同组件还有不同的需求，例如annotation模块还需要安装maker等。