最近看到读者留言说在差异表达分析导入矩阵是提醒row name重复，现在就这一问题解释原因和最简单的解决方案。 原因：探针和基因是多对一的关系，比如A和B都可能是指向基因AB。在一般的基因芯片的表达矩阵中，用探针表示的表达矩阵不存在行名重复问题。但是如果先注释成gene symbol，则可能不同行的探针注释成同一个gene symbol。这个时候如果还是用转换后的矩阵进行差异分析，在导入R

差异表达分析通常作为根据基因表达矩阵进行生物信息学分析的第一步，有助于我们观察基因在不同样本中的表达差异，从而确定要研究的基因和表型之间的联系。常用的基因表达数据来自基因芯片或高通量测序。虽然矩阵看起来差不多，但是由于服从不同的分布，因此在进行差异表达的时候需要用不同的方法。对于一般的生命科学领域科研人员来说，了解晦涩的算法并没有太大价值。本文力求精简，从数据——算法——结果三个方面