差异表达分析(DEG)时 row.names'里不能有重复的名字 的解决方案

2024-04-25 22:18

本文主要是介绍差异表达分析(DEG)时 row.names'里不能有重复的名字 的解决方案,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

 

最近看到读者留言说在差异表达分析导入矩阵是提醒row name重复,现在就这一问题解释原因和最简单的解决方案。

原因:探针和基因是多对一的关系,比如A和B都可能是指向基因AB。在一般的基因芯片的表达矩阵中,用探针表示的表达矩阵不存在行名重复问题。但是如果先注释成gene symbol,则可能不同行的探针注释成同一个gene symbol。这个时候如果还是用转换后的矩阵进行差异分析,在导入R的时候就会提醒row name充分,这是由于R的规则将行名视为唯一标识符,如果由两个行具有相同的名称,在使用行名取数据的时候,R就不知道需要的是哪一行。

解决方案:通常情况下将不同探针获得的gene symbol按照一定规则合并成一行即可。可以使平均数、中位数、最大值、最小值等,根据自己的需求决定。这个操作可以在R中完成,但是需要一定的编程基础。下面以求平均数为例演示如何使用Excel合并相同的行。

1. 这是一个带有重复行名的表达矩阵,只有一个样本。

2.新建一个sheet并点击左上角的透视表

3.出现对话框后回到sheet1选择范围

4.在sheet2中勾选需要的列

5.双击求和项(B1)在新的对话框中选择平均值,这样名称相同的行就会按照平均值对每个样本进行计算

6.需要说明的是,这种方法可能造成一些gene symbol被识别称日期。不过总的来讲对编程较弱的从业者仍是一种可用可靠的方法。

7.将转换后的矩阵导入R就不会出现问题了。

 

GEO芯片数据差异表达分析时需要log2处理的原因

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542805

GEO芯片数据差异表达分析时是否需要log2以及标准化的问题

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88542558

差异表达矩阵制作教程

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83659768

差异表达的热图绘制详见

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83659501

使用edgeR对RNAseq数据进行差异表达分析教程

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88785486

差异表达分析(DEG)时 row.names'里不能有重复的名字 的解决方案

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/86568155

生存分析系列教程(一)使用生信人工具盒进行生存分析

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83685403

富集分析与蛋白质互作用网络(PPI)的可视化 Cystocape入门指南

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/88048439

进阶版Venn plot:Upset plot入门实战代码详解——UpSetR包介绍

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83109527

使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图(Bubble图):数据结构及代码

https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/82141817

这篇关于差异表达分析(DEG)时 row.names'里不能有重复的名字 的解决方案的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/935939

相关文章

性能分析之MySQL索引实战案例

文章目录 一、前言二、准备三、MySQL索引优化四、MySQL 索引知识回顾五、总结 一、前言 在上一讲性能工具之 JProfiler 简单登录案例分析实战中已经发现SQL没有建立索引问题,本文将一起从代码层去分析为什么没有建立索引? 开源ERP项目地址:https://gitee.com/jishenghua/JSH_ERP 二、准备 打开IDEA找到登录请求资源路径位置

poj2406(连续重复子串)

题意:判断串s是不是str^n,求str的最大长度。 解题思路:kmp可解,后缀数组的倍增算法超时。next[i]表示在第i位匹配失败后,自动跳转到next[i],所以1到next[n]这个串 等于 n-next[n]+1到n这个串。 代码如下; #include<iostream>#include<algorithm>#include<stdio.h>#include<math.

poj3261(可重复k次的最长子串)

题意:可重复k次的最长子串 解题思路:求所有区间[x,x+k-1]中的最小值的最大值。求sa时间复杂度Nlog(N),求最值时间复杂度N*N,但实际复杂度很低。题目数据也比较水,不然估计过不了。 代码入下: #include<iostream>#include<algorithm>#include<stdio.h>#include<math.h>#include<cstring

SWAP作物生长模型安装教程、数据制备、敏感性分析、气候变化影响、R模型敏感性分析与贝叶斯优化、Fortran源代码分析、气候数据降尺度与变化影响分析

查看原文>>>全流程SWAP农业模型数据制备、敏感性分析及气候变化影响实践技术应用 SWAP模型是由荷兰瓦赫宁根大学开发的先进农作物模型,它综合考虑了土壤-水分-大气以及植被间的相互作用;是一种描述作物生长过程的一种机理性作物生长模型。它不但运用Richard方程,使其能够精确的模拟土壤中水分的运动,而且耦合了WOFOST作物模型使作物的生长描述更为科学。 本文让更多的科研人员和农业工作者

MOLE 2.5 分析分子通道和孔隙

软件介绍 生物大分子通道和孔隙在生物学中发挥着重要作用,例如在分子识别和酶底物特异性方面。 我们介绍了一种名为 MOLE 2.5 的高级软件工具,该工具旨在分析分子通道和孔隙。 与其他可用软件工具的基准测试表明,MOLE 2.5 相比更快、更强大、功能更丰富。作为一项新功能,MOLE 2.5 可以估算已识别通道的物理化学性质。 软件下载 https://pan.quark.cn/s/57

pip-tools:打造可重复、可控的 Python 开发环境,解决依赖关系,让代码更稳定

在 Python 开发中,管理依赖关系是一项繁琐且容易出错的任务。手动更新依赖版本、处理冲突、确保一致性等等,都可能让开发者感到头疼。而 pip-tools 为开发者提供了一套稳定可靠的解决方案。 什么是 pip-tools? pip-tools 是一组命令行工具,旨在简化 Python 依赖关系的管理,确保项目环境的稳定性和可重复性。它主要包含两个核心工具:pip-compile 和 pip

衡石分析平台使用手册-单机安装及启动

单机安装及启动​ 本文讲述如何在单机环境下进行 HENGSHI SENSE 安装的操作过程。 在安装前请确认网络环境,如果是隔离环境,无法连接互联网时,请先按照 离线环境安装依赖的指导进行依赖包的安装,然后按照本文的指导继续操作。如果网络环境可以连接互联网,请直接按照本文的指导进行安装。 准备工作​ 请参考安装环境文档准备安装环境。 配置用户与安装目录。 在操作前请检查您是否有 sud

线性因子模型 - 独立分量分析(ICA)篇

序言 线性因子模型是数据分析与机器学习中的一类重要模型,它们通过引入潜变量( latent variables \text{latent variables} latent variables)来更好地表征数据。其中,独立分量分析( ICA \text{ICA} ICA)作为线性因子模型的一种,以其独特的视角和广泛的应用领域而备受关注。 ICA \text{ICA} ICA旨在将观察到的复杂信号

【软考】希尔排序算法分析

目录 1. c代码2. 运行截图3. 运行解析 1. c代码 #include <stdio.h>#include <stdlib.h> void shellSort(int data[], int n){// 划分的数组,例如8个数则为[4, 2, 1]int *delta;int k;// i控制delta的轮次int i;// 临时变量,换值int temp;in

三相直流无刷电机(BLDC)控制算法实现:BLDC有感启动算法思路分析

一枚从事路径规划算法、运动控制算法、BLDC/FOC电机控制算法、工控、物联网工程师,爱吃土豆。如有需要技术交流或者需要方案帮助、需求:以下为联系方式—V 方案1:通过霍尔传感器IO中断触发换相 1.1 整体执行思路 霍尔传感器U、V、W三相通过IO+EXIT中断的方式进行霍尔传感器数据的读取。将IO口配置为上升沿+下降沿中断触发的方式。当霍尔传感器信号发生发生信号的变化就会触发中断在中断