【Schrödinger薛定谔软件使用实战】- 4lyw蛋白实战

2024-05-01 15:20
文章标签 实战 使用 软件 蛋白 薛定谔 schr dinger 4lyw

本文主要是介绍【Schrödinger薛定谔软件使用实战】- 4lyw蛋白实战，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

文章目录

  • 软件选择
  • 1 pretein preparation
    • 1.1 import and process注意
      • 1.1.1 preprocess可能遇到的问题
    • 1.2 review and modify
    • 1.3 refine
      • 1.3.1 optimize优化氢键网络
      • 1.3.2 minimize 氢原子会进行能量最小化
  • 2 ligand prepare
  • 3 生成对接盒子-receptor grid generation
    • 3.1 receptor-确定受体
      • 3.1.1 define receptor
      • 3.1.2 van der waals radius scaling
    • 3.2 site 设置对接盒子大小
      • 3.2.1 advanced settings
    • 3.3 contraints-设置约束条件 （例如受体配体之间的氢键）
      • 3.3.1 positional/NOE（保持风格，要出现在特定范围内
      • 3.3.2 H-bond/Metal 黄线-氢键作用 或配体和金属原子相互作用（并不要求方向）
      • 3.3.3 Metal Coordination 金属配位作用-可以调节方向
    • 3.4 Rotatable Groups-规定哪些羟基等是可以旋转的
    • 3.5 Excluded Volumes
  • 4 ligand grid
    • 4.1 ligands选择已经准备好的配体
    • 4.2 setting
      • 4.2.1 设置对接准确度
      • 4.2.2 ligand sampling 配体选择采样
      • 4.2.3 选择采样偏向，三种选项
    • 4.3 contraints选择对3的限制条件的选择
    • 4.4 output 输出格式选择
  • 注意事项 PDB格式

软件选择

在这里插入图片描述
采用的是Maestro 12.8版本

1 pretein preparation

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1.1 import and process注意

  • 1、有loop的时候，如果口袋在loop区域，pretein preparation一定要加上fill in loops
  • 2、准备蛋白时，注意对保守水分子的选择
  • 3、对于PH的选择，注意应当去质子还是被质子化
    ！！！！！点击preprocess
    在这里插入图片描述

1.1.1 preprocess可能遇到的问题

  • alternates postitions：对于alternates postitions的残基选择，蛋白具有不同构象，注意选择，如果离得远，随便选，离得近就要认真考虑
  • overlapping atoms：对于氢原子会进行能量最小化的处理

1.2 review and modify

若小分子有很多带电状态，进行选择

1.3 refine

1.3.1 optimize优化氢键网络

选用默认选项，entry list增加hbond-opt
！！！！！点击optimize

1.3.2 minimize 氢原子会进行能量最小化

如果存在里的近的，橙黄线，尝试点击minimize消掉
！！！！！点击minimize
选用默认选项，entry list增加minimized
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2 ligand prepare

import structure
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

设置筛选条件

  • -general attributes
    Molecular_weight 分子量 <=150 and >=500
    Num_chiral_centes 手性分子

  • -functional group counts
    Aldehydes 醛基数目》=1
    PH严重影响配体的质子化状态
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

  • 若对接有金属离子，则加上add metal binding states
    如果配体是2D结构computation选择第一个
    如果是3D选择第二个
    在这里插入图片描述

3 生成对接盒子-receptor grid generation

3.1 receptor-确定受体

在这里插入图片描述

3.1.1 define receptor

点击show markers 标注小分子，使其不会当作为受体的一部分
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3.1.2 van der waals radius scaling

范德华半径的缩放–Glide：小分子是柔性的，受体是刚性的
对接分为刚性对接、柔性对接、半柔性对接

3.2 site 设置对接盒子大小

在这里插入图片描述

3.2.1 advanced settings

在这里插入图片描述
紫色盒子更大（）
绿色盒子设置配体中心（对接时小分子中心点可以去到的位置）
若work_space只有受体，没有配体的话是没有办法通过点击配体来选择配体并生成紫色盒子，这样需要通过选择活性位点的氨基酸残基来定义对接盒子
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

通过select来选择氨基酸残基
在这里插入图片描述

3.3 contraints-设置约束条件 （例如受体配体之间的氢键）

来在早期去除掉不符合的配体模式
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3.3.1 positional/NOE（保持风格，要出现在特定范围内

要求配体也在该区域有类似的组成，重视位置
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NOE-针对氨基酸残基的距离，配体小分子出现在哪里等
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述

3.3.2 H-bond/Metal 黄线-氢键作用 或配体和金属原子相互作用（并不要求方向）

在这里插入图片描述

配体羰基与天冬酰胺140有氢键作用
哪些氢键特别重要，则需要在H-bond/Metal中标出-选择天冬酰胺140的氢原子
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gilde自动标注对称原子
点击use symmetry去除距离较远氢原子
在这里插入图片描述

3.3.3 Metal Coordination 金属配位作用-可以调节方向

3.4 Rotatable Groups-规定哪些羟基等是可以旋转的

在这里插入图片描述

pick groups -选择残基
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选择酪氨酸，允许酪氨酸进行旋转
旋转在grid时是不可清除的

3.5 Excluded Volumes

在这里插入图片描述

排除口袋位置的小分子
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对接时，任何小分子的原子不能出现在红色范围内
对接口袋规定内部里面的物理化学特性

4 ligand grid

选择ligand docking
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display receptor
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4.1 ligands选择已经准备好的配体

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是否使用输入文件自带的局部电荷
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默认不会对接分子量超过500 旋转超过100的，按需调整
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调节配体的非极性范德华力的缩放
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4.2 setting

在这里插入图片描述

4.2.1 设置对接准确度

  • precision
    HTVS 通量虚拟筛选，快速筛选小分子，更为严格，不可以score inplace(通常打分和对接是两个软件在做)
    XP 与SP类似，但对形状互补更严格，计算量更大，打分更严格
    建议：
    筛选大数据库时，先用sp，再按照打分排序，取前10%~30%，用xp重新对接，可以勾选
    在这里插入图片描述

若超大虚拟筛选，建议采用另一模块
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4.2.2 ligand sampling 配体选择采样

在这里插入图片描述

选择配体柔性，允许inverse，并且考虑环采样

4.2.3 选择采样偏向，三种选项

在这里插入图片描述

第一个对资源文件的选择进行扭转偏斜
第二个是对酰胺的C和N的选择：1、惩罚非平面的构象（允许酰胺变形，非顺式等）2、保留酰胺键的输入原始构象3、只允许反式20°角的偏斜

4.3 contraints选择对3的限制条件的选择

4.4 output 输出格式选择

在这里插入图片描述

若想查看每个氨基酸基团对于构象的打分贡献的话可以勾选
在这里插入图片描述

若进行虚拟筛选很大时，点击run旁边齿轮，选择Do not incorporate
在这里插入图片描述
剩下的点击run即可

注意事项 PDB格式

Pdb
在这里插入图片描述

Hyperchem mm+力场中 -0.1294是电荷数
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Gaussian z-矩阵，采用分子内坐标 键角 二面角
在这里插入图片描述

这篇关于【Schrödinger薛定谔软件使用实战】- 4lyw蛋白实战的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！


http://www.chinasem.cn/article/952008。

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