本文主要是介绍【Schrödinger薛定谔软件使用实战】- 4lyw蛋白实战，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
文章目录
- 软件选择
- 1 pretein preparation
- 1.1 import and process注意
- 1.1.1 preprocess可能遇到的问题
- 1.2 review and modify
- 1.3 refine
- 1.3.1 optimize优化氢键网络
- 1.3.2 minimize 氢原子会进行能量最小化
- 2 ligand prepare
- 3 生成对接盒子-receptor grid generation
- 3.1 receptor-确定受体
- 3.1.1 define receptor
- 3.1.2 van der waals radius scaling
- 3.2 site 设置对接盒子大小
- 3.2.1 advanced settings
- 3.3 contraints-设置约束条件 （例如受体配体之间的氢键）
- 3.3.1 positional/NOE（保持风格，要出现在特定范围内
- 3.3.2 H-bond/Metal 黄线-氢键作用 或配体和金属原子相互作用（并不要求方向）
- 3.3.3 Metal Coordination 金属配位作用-可以调节方向
- 3.4 Rotatable Groups-规定哪些羟基等是可以旋转的
- 3.5 Excluded Volumes
- 4 ligand grid
- 4.1 ligands选择已经准备好的配体
- 4.2 setting
- 4.2.1 设置对接准确度
- 4.2.2 ligand sampling 配体选择采样
- 4.2.3 选择采样偏向，三种选项
- 4.3 contraints选择对3的限制条件的选择
- 4.4 output 输出格式选择
- 注意事项 PDB格式
软件选择
采用的是Maestro 12.8版本
1 pretein preparation
1.1 import and process注意
- 1、有loop的时候，如果口袋在loop区域，pretein preparation一定要加上fill in loops
- 2、准备蛋白时，注意对保守水分子的选择
- 3、对于PH的选择，注意应当去质子还是被质子化
！！！！！点击preprocess
1.1.1 preprocess可能遇到的问题
- alternates postitions：对于alternates postitions的残基选择，蛋白具有不同构象，注意选择，如果离得远，随便选，离得近就要认真考虑
- overlapping atoms：对于氢原子会进行能量最小化的处理
1.2 review and modify
若小分子有很多带电状态，进行选择
1.3 refine
1.3.1 optimize优化氢键网络
选用默认选项，entry list增加hbond-opt
！！！！！点击optimize
1.3.2 minimize 氢原子会进行能量最小化
如果存在里的近的，橙黄线，尝试点击minimize消掉
！！！！！点击minimize
选用默认选项，entry list增加minimized
2 ligand prepare
import structure
设置筛选条件
-
-general attributes
Molecular_weight 分子量 <=150 and >=500
Num_chiral_centes 手性分子 -
-functional group counts
Aldehydes 醛基数目》=1
PH严重影响配体的质子化状态
-
若对接有金属离子，则加上add metal binding states
如果配体是2D结构computation选择第一个
如果是3D选择第二个
3 生成对接盒子-receptor grid generation
3.1 receptor-确定受体
3.1.1 define receptor
点击show markers 标注小分子，使其不会当作为受体的一部分
3.1.2 van der waals radius scaling
范德华半径的缩放–Glide：小分子是柔性的，受体是刚性的
对接分为刚性对接、柔性对接、半柔性对接
3.2 site 设置对接盒子大小
3.2.1 advanced settings
紫色盒子更大（）
绿色盒子设置配体中心（对接时小分子中心点可以去到的位置）
若work_space只有受体，没有配体的话是没有办法通过点击配体来选择配体并生成紫色盒子，这样需要通过选择活性位点的氨基酸残基来定义对接盒子
通过select来选择氨基酸残基
3.3 contraints-设置约束条件 （例如受体配体之间的氢键）
来在早期去除掉不符合的配体模式
3.3.1 positional/NOE（保持风格，要出现在特定范围内
要求配体也在该区域有类似的组成，重视位置
NOE-针对氨基酸残基的距离，配体小分子出现在哪里等
3.3.2 H-bond/Metal 黄线-氢键作用 或配体和金属原子相互作用（并不要求方向）
配体羰基与天冬酰胺140有氢键作用
哪些氢键特别重要，则需要在H-bond/Metal中标出-选择天冬酰胺140的氢原子
gilde自动标注对称原子
点击use symmetry去除距离较远氢原子
3.3.3 Metal Coordination 金属配位作用-可以调节方向
3.4 Rotatable Groups-规定哪些羟基等是可以旋转的
pick groups -选择残基
选择酪氨酸，允许酪氨酸进行旋转
旋转在grid时是不可清除的
3.5 Excluded Volumes
排除口袋位置的小分子
对接时，任何小分子的原子不能出现在红色范围内
对接口袋规定内部里面的物理化学特性
4 ligand grid
选择ligand docking
display receptor
4.1 ligands选择已经准备好的配体
是否使用输入文件自带的局部电荷
默认不会对接分子量超过500 旋转超过100的，按需调整
调节配体的非极性范德华力的缩放
4.2 setting
4.2.1 设置对接准确度
- precision
HTVS 通量虚拟筛选，快速筛选小分子，更为严格，不可以score inplace(通常打分和对接是两个软件在做)
XP 与SP类似，但对形状互补更严格，计算量更大，打分更严格
建议：
筛选大数据库时，先用sp，再按照打分排序，取前10%~30%，用xp重新对接，可以勾选
若超大虚拟筛选，建议采用另一模块
4.2.2 ligand sampling 配体选择采样
选择配体柔性，允许inverse，并且考虑环采样
4.2.3 选择采样偏向，三种选项
第一个对资源文件的选择进行扭转偏斜
第二个是对酰胺的C和N的选择：1、惩罚非平面的构象（允许酰胺变形，非顺式等）2、保留酰胺键的输入原始构象3、只允许反式20°角的偏斜
4.3 contraints选择对3的限制条件的选择
4.4 output 输出格式选择
若想查看每个氨基酸基团对于构象的打分贡献的话可以勾选
若进行虚拟筛选很大时，点击run旁边齿轮，选择Do not incorporate
剩下的点击run即可
注意事项 PDB格式
Pdb
Hyperchem mm+力场中 -0.1294是电荷数
Gaussian z-矩阵，采用分子内坐标 键角 二面角
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