CCRCC+101 种机器学习算法组合+免疫原性死亡+单细胞

2024-04-27 22:52

本文主要是介绍CCRCC+101 种机器学习算法组合+免疫原性死亡+单细胞,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

图片

免疫原性细胞死亡相关的多组学鉴定-在3P医学背景下,基于101 -组合机器学习计算框架的透明细胞肾细胞癌的特征

一、研究背景

1、透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是一种常见的泌尿系统恶性肿瘤,死亡率极高。缺乏可靠的预后生物标志物破坏了其预测、预防和个性化的有效性

2、免疫原性细胞死亡(ICD)是一种特殊类型的程序性细胞死亡,与抗癌免疫有关。然而,ICD在ccRCC中的作用尚不清楚。

二、数据来源

 GSE156632、TCGA+ E-MTAB-1980+

三、分析方法和结果解读

1、分析流程

图片

2、单细胞数据常规聚类,亚群注释,ssGSEA计算ICD分析,比较不同亚群ICD-score的差异

图片

3、TCGA数据集ssGSEA计算ICD-score,并使用WGCNA的方法筛选关键的module基因集,同时差异分析筛选肿瘤发生相关的基因集,GO和KEGG富集分析筛选关键的功能。结果通过单因素cox分析筛选预后相关单基因集,构建预后相关的互作网络(TCGA+ E-MTAB-1980),查看预后相关的关键基因CNV突变的情况(TCGA)

图片

4、基于10种机器学习的方法构建101种机器学习算法组合构建风险模型,并择优选择c-index最佳的模型,其中在c-index相差不大的时候,基因数量越少越好,这里作者选择了lasso+逐步回归+多因素建模,并绘制KM曲线。

图片

5、模型AUC的验证

图片

6、关键基因表达的热图和临床特征关于风险得分的比较

图片

图片

7、通过单因素cox分析绘制预后相关的森林图,列线图,DCA等

图片

图片

8、风险模型的功能注释,GSE+GSVA,关键功能高低评分的KM曲线

图片

9、突变的比较,(mutant allele  tumor heterogeneity (MATH) score的在高低风险组的比较,已经与预后的关系)

图片

高低风险组突变的瀑布图

图片

高低风险组突变的共线性和互斥分析,CNV突变比例的展示

图片

10、单细胞水平中关键基因表达的tsne图

图片

高低风险组差异基因富集分析(单细胞)

图片

低风险GSEA分析,和配受体分析

图片

11、高低风险免疫浸润的比较(bulk)

图片

图片

TIP预测分析

图片

免疫检查点、TMB和免疫治疗

图片

12、药物预测(pRRophetic+cMAP)

图片

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

本文的亮点:

1、杂糅了101算法建模

2、从单细胞层面出发,在组织水平上进行验证(bulk),建模,最后再通过单细胞验证模型,从免疫浸润讲到免疫治疗,最后预测作用的靶点药物,一点点深入。

这篇关于CCRCC+101 种机器学习算法组合+免疫原性死亡+单细胞的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/941723

相关文章

Java学习手册之Filter和Listener使用方法

《Java学习手册之Filter和Listener使用方法》:本文主要介绍Java学习手册之Filter和Listener使用方法的相关资料,Filter是一种拦截器,可以在请求到达Servl... 目录一、Filter(过滤器)1. Filter 的工作原理2. Filter 的配置与使用二、Listen

openCV中KNN算法的实现

《openCV中KNN算法的实现》KNN算法是一种简单且常用的分类算法,本文主要介绍了openCV中KNN算法的实现,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的... 目录KNN算法流程使用OpenCV实现KNNOpenCV 是一个开源的跨平台计算机视觉库,它提供了各

springboot+dubbo实现时间轮算法

《springboot+dubbo实现时间轮算法》时间轮是一种高效利用线程资源进行批量化调度的算法,本文主要介绍了springboot+dubbo实现时间轮算法,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家... 目录前言一、参数说明二、具体实现1、HashedwheelTimer2、createWheel3、n

SpringBoot实现MD5加盐算法的示例代码

《SpringBoot实现MD5加盐算法的示例代码》加盐算法是一种用于增强密码安全性的技术,本文主要介绍了SpringBoot实现MD5加盐算法的示例代码,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习... 目录一、什么是加盐算法二、如何实现加盐算法2.1 加盐算法代码实现2.2 注册页面中进行密码加盐2.

Java时间轮调度算法的代码实现

《Java时间轮调度算法的代码实现》时间轮是一种高效的定时调度算法,主要用于管理延时任务或周期性任务,它通过一个环形数组(时间轮)和指针来实现,将大量定时任务分摊到固定的时间槽中,极大地降低了时间复杂... 目录1、简述2、时间轮的原理3. 时间轮的实现步骤3.1 定义时间槽3.2 定义时间轮3.3 使用时

Java进阶学习之如何开启远程调式

《Java进阶学习之如何开启远程调式》Java开发中的远程调试是一项至关重要的技能,特别是在处理生产环境的问题或者协作开发时,:本文主要介绍Java进阶学习之如何开启远程调式的相关资料,需要的朋友... 目录概述Java远程调试的开启与底层原理开启Java远程调试底层原理JVM参数总结&nbsMbKKXJx

如何通过Golang的container/list实现LRU缓存算法

《如何通过Golang的container/list实现LRU缓存算法》文章介绍了Go语言中container/list包实现的双向链表,并探讨了如何使用链表实现LRU缓存,LRU缓存通过维护一个双向... 目录力扣:146. LRU 缓存主要结构 List 和 Element常用方法1. 初始化链表2.

golang字符串匹配算法解读

《golang字符串匹配算法解读》文章介绍了字符串匹配算法的原理,特别是Knuth-Morris-Pratt(KMP)算法,该算法通过构建模式串的前缀表来减少匹配时的不必要的字符比较,从而提高效率,在... 目录简介KMP实现代码总结简介字符串匹配算法主要用于在一个较长的文本串中查找一个较短的字符串(称为

通俗易懂的Java常见限流算法具体实现

《通俗易懂的Java常见限流算法具体实现》:本文主要介绍Java常见限流算法具体实现的相关资料,包括漏桶算法、令牌桶算法、Nginx限流和Redis+Lua限流的实现原理和具体步骤,并比较了它们的... 目录一、漏桶算法1.漏桶算法的思想和原理2.具体实现二、令牌桶算法1.令牌桶算法流程:2.具体实现2.1

Java深度学习库DJL实现Python的NumPy方式

《Java深度学习库DJL实现Python的NumPy方式》本文介绍了DJL库的背景和基本功能,包括NDArray的创建、数学运算、数据获取和设置等,同时,还展示了如何使用NDArray进行数据预处理... 目录1 NDArray 的背景介绍1.1 架构2 JavaDJL使用2.1 安装DJL2.2 基本操