本文主要是介绍古细菌多样性分析16S rRNA,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
古细菌(archaebacteria)又叫古生菌、古菌,是一类很特殊的细菌,同时具有原核生物和真核生物的某些特征。古细菌多生活在各种极端的生态环境中,它们代表了生命的极限,确定了生物圈的范围。古细菌和真细菌、真核生物一起,构成了生物的三域系统。古细菌分为泉古菌、广古菌、初古菌和纳古菌。具有代表性的古细菌有极端嗜热菌、极端噬盐菌、极端嗜酸菌、产甲烷古菌、嗜热菌、噬盐菌等。 微基生物根据文献中常用的古菌引物,在Silva数据库中搜索,对古细菌测序引物进行了分析比较,结果如下图所示。在所有搜索结果中,引物对519F/915R和344F/915R对于古细菌的特异性较好。其中,引物519F/915R适合Illumina MiSeq 2×300 bp的测序平台,而引物344F/915R则更适合于Roche 454测序平台。
古细菌不同引物对搜索结果
细菌多样性分析的流程图如下
High throughput sequencing flow chart
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