【VASP学习】在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程(包括VASP官方学习资料、安装过程中相关编辑器的配置、VASP的编译及VASP的测试)

2024-04-06 05:36
文章标签 配置 编译 系统 ubuntu 安装 学习 编辑器 过程 测试 相关 资料 包括 官方 4.4 全过程 vasp vasp.5

本文主要是介绍【VASP学习】在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程(包括VASP官方学习资料、安装过程中相关编辑器的配置、VASP的编译及VASP的测试)，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程

  • VASP的简介与相关学习资料
  • 安装前的准备工作及说明
  • 安装过程
    • intel编译器的安装
    • VASP的编译
    • VASP的测试
  • 参考来源

VASP的简介与相关学习资料

在这里插入图片描述
VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是基于第一性原理对原子尺度的材料进行模拟计算的软件。比如可以进行原子尺度材料的电子结构计算、分子动力学过程的模拟分析等。
在这里插入图片描述

官方网站提供了软件学习的examples与tutorials:
Examples：https://www.vasp.at/wiki/index.php/Category:Examples
在这里插入图片描述

Tutorials：https://www.vasp.at/wiki/index.php/Category:Tutorials
(从原子、分子到块体结构，再到表面结构)
在这里插入图片描述

安装前的准备工作及说明

【安装所处的环境】：linux环境；Ubuntu系统，版本为20.04.6 LTS
【安装包的准备】：（这部分的文件需要自己去找）

  • intel编译器的安装包及Licenses文件，本文选择的版本是：Intel® Parallel Studio XE 2020 Cluster Edition
  • VASP的安装包，本文选择的版本为：vasp.5.4.4.tar.gz

安装过程

intel编译器的安装

已知VASP的编译需要很多编译器，包括：

  • Compilers for Fortran (at least F2008 compliant), C, and C++.
  • Numerical libraries: FFTW, BLAS, LAPACK, and ScaLAPACK.
  • An implementation of the Message Passing Interface (MPI).

因此我们可以去找已经把以上编译器和相关库组合好的软件，安装软件即可，这就是为什么安装Intel® Parallel Studio XE 2020的原因。

【安装过程】

  1. 解压Intel® Parallel Studio XE 2020的安装包，tar -xzf 安装包名称
  2. 本文选择纯文本环境下安装，因此进入解压后的文件夹，cd 解压后的安装包名称
  3. 进入文件夹后，执行./install.sh，启动安装程序，界面如下：
    在这里插入图片描述
  4. 回车，输入空格到达底部，输入：accept，然后回车
    在这里插入图片描述
  5. 同意软件收集系统的信息，输入：1，然后回车
    在这里插入图片描述
  6. 安装过程识别了系统信息后，弹出以下界面，输入：1，然后回车
    在这里插入图片描述
  7. 软件权限选择识别license file，因此先输入：2，然后回车
    在这里插入图片描述
  8. 选择离线选择license file，输入：1，然后回车，然后输入你的license file所在路径(这里要自己去找这个软件的Licenses文件夹，路径就是这个文件夹所在的路径)，回车
    在这里插入图片描述
  9. 识别license成功后，弹出计划安装的配置选择，输入：1，然后回车；进入安装的组件选择，我们这里要选择自定义安装，只选择安装VASP编译所需要的组件，因此输入：2，然后回车
    在这里插入图片描述
  10. 取消勾选“IA-32”，保留“Intel® 64”的选择，因此输入：1，然后回车；继续回车，进入下一步的选择
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
  11. 进入具体组件的选择(Change components to install)，因此输入：3，然后回车；
    在这里插入图片描述
  12. 分别进入2-16的选项，仅保留以下组件的安装：

  • Intel C++ Compiler 19.1 Update 3

  • Intel Fortran Compiler 19.1 Update 3

  • Intel Math Kernel Library 2020 Update 4 for C/C++下的Intel MKL core libraries for C/C++和Cluster support for C/C++
    在这里插入图片描述

  • Intel Math Kernel Library 2020 Update 4 for Fortran下的Intel MKL core libraries for Fortran、Cluster support for Fortran和Fortran 95 interfaces for BLAS and LAPACK
    在这里插入图片描述

  • Intel Threading Building Blocks 2020 Update 3

  • Intel MPI Library 2019 Update 9下的Intel MPI Library for applications running on Intel® 64 Architecture
    在这里插入图片描述

  1. 其他组件均不选择，最后的选择结果显示见下，选择结束后，进入回车然后进入下一步的安装
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
  2. 提示缺少32-bit libraries，选择跳过(Skip prerequisites)，继续下一步，开始安装以上选择的组件，需要一点时间。出现以下界面即为安装成功。
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述
  3. 下面配置Intel® Parallel Studio XE 2020的运行环境，找到安装该软件所在路径下的psxevars.sh，一般在intel文件夹下（如，我的路径是：/home/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh）。接着将代码（source /home/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh）加入到bashrc文件末尾。具体步骤为，先回到主目录下：cd ~,进入bashrc文件，vim .bashrc，输入i进入编辑模式，将代码source /home/intel/parallel_studio_xe_2020/psxevars.sh复制在文件最后，输入Esc进入取消编辑状态，然后按住shift，输入：wq，保存编辑并退出。回到命令行窗口，输入source .bashrc，显示以下界面即可配置环境成功。
    在这里插入图片描述
  4. 使用cd进入/home/intel/compilers_and_libraries_2020.4.304/linux/mkl/interfaces/fftw3xf所在目录，然后在命令行执行make libintel64命令，运行后当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。界面提示见下图。
    在这里插入图片描述
  5. 将以上步骤严格执行后，便完成了intel编译器的安装！

VASP的编译

【安装步骤】

  1. 解压vasp.5.4.4.tar.gz安装包：tar -xzf vasp.5.4.4.tar.gz

  2. 进入解压后的文件夹：cd vasp.5.4.4

  3. 继续进入该目录下的arch文件夹：cd arch

  4. 复制该目录下的makefile.include.linux_intel文件到上一级目录，并改名为makefile.include
    在这里插入图片描述

  5. 使用vim打开文件makefile.include：vim makefile.include

  6. 找到OFLAG参数，在其后面添加-xhost，保存并退出(vim的编辑与保存操作参考步骤15)
    在这里插入图片描述

  7. 在此目录下，命令行窗口输入命令make all开始进行VASP的编译。
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

  8. 编译成功后，回到home目录cd ~，进入.bashrc文件vim .bashrc，将路径代码（export PATH=$PATH:/home/vasp.5.4.4/bin）加入到.bashrc文件末尾，保存编辑并退出(vim的编辑与保存操作参考步骤15)。在命令行执行source .bashrc，便可使用VASP。

VASP的测试

VASP安装成功后，在bin文件夹下产生三个可执行文件(vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std)，我们主要使用的是vasp_std。下面将调用vasp_std测试VASP的运行。
在这里插入图片描述

  1. 从VASP官网的Tutorial中找一个案例，比如我找的是Atoms and Molecules模块中的O atom（https://www.vasp.at/wiki/index.php/O_atom）。
    在这里插入图片描述

  2. 下载其输入文件，解压文件夹，并进入该文件夹。在命令行执行mpirun -np 4 vasp_std开始vasp的计算，计算结束后产生一系列文件。
    在这里插入图片描述

  3. 检查结果文件OUTCAR，计算过程完整且正常输出即说明vasp安装成功。
    在这里插入图片描述

参考来源

本文主要是参考了卢天老师的博文：VASP最简单的安装方法（含全程视频演示）。在老师的指导下将过程详细记录，方便以后查阅。

这篇关于【VASP学习】在Ubuntu系统安装vasp.5.4.4的全过程(包括VASP官方学习资料、安装过程中相关编辑器的配置、VASP的编译及VASP的测试)的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！


http://www.chinasem.cn/article/879120。

相关文章

HarmonyOS学习(七)——UI（五）常用布局总结

HarmonyOS学习(七)——UI（五）常用布局总结

自适应布局 1.1、线性布局（LinearLayout） 通过线性容器Row和Column实现线性布局。Column容器内的子组件按照垂直方向排列，Row组件中的子组件按照水平方向排列。 属性说明space通过space参数设置主轴上子组件的间距，达到各子组件在排列上的等间距效果alignItems设置子组件在交叉轴上的对齐方式，且在各类尺寸屏幕上表现一致，其中交叉轴为垂直时，取值为Vert
阅读更多...
Ilya-AI分享的他在OpenAI学习到的15个提示工程技巧

Ilya-AI分享的他在OpenAI学习到的15个提示工程技巧

Ilya（不是本人，claude AI）在社交媒体上分享了他在OpenAI学习到的15个Prompt撰写技巧。 以下是详细的内容： 提示精确化:在编写提示时,力求表达清晰准确。清楚地阐述任务需求和概念定义至关重要。例:不用"分析文本",而用"判断这段话的情感倾向:积极、消极还是中性"。 快速迭代:善于快速连续调整提示。熟练的提示工程师能够灵活地进行多轮优化。例:从"总结文章"到"用
阅读更多...
浅析Spring Security认证过程

浅析Spring Security认证过程

类图 为了方便理解Spring Security认证流程，特意画了如下的类图，包含相关的核心认证类 概述 核心验证器 AuthenticationManager 该对象提供了认证方法的入口，接收一个Authentiaton对象作为参数; public interface AuthenticationManager {Authentication authenticate(Authenti
阅读更多...
不懂推荐算法也能设计推荐系统

不懂推荐算法也能设计推荐系统

本文以商业化应用推荐为例，告诉我们不懂推荐算法的产品，也能从产品侧出发， 设计出一款不错的推荐系统。 相信很多新手产品，看到算法二字，多是懵圈的。 什么排序算法、最短路径等都是相对传统的算法（注：传统是指科班出身的产品都会接触过）。但对于推荐算法，多数产品对着网上搜到的资源，都会无从下手。特别当某些推荐算法 和 “AI”扯上关系后，更是加大了理解的难度。 但，不了解推荐算法，就无法做推荐系
阅读更多...
Zookeeper安装和配置说明

Zookeeper安装和配置说明

一、Zookeeper的搭建方式 Zookeeper安装方式有三种，单机模式和集群模式以及伪集群模式。 ■ 单机模式：Zookeeper只运行在一台服务器上，适合测试环境； ■ 伪集群模式：就是在一台物理机上运行多个Zookeeper 实例； ■ 集群模式：Zookeeper运行于一个集群上，适合生产环境，这个计算机集群被称为一个“集合体”（ensemble） Zookeeper通过复制来实现
阅读更多...
CentOS7安装配置mysql5.7 tar免安装版

CentOS7安装配置mysql5.7 tar免安装版

一、CentOS7.4系统自带mariadb # 查看系统自带的Mariadb[root@localhost~]# rpm -qa|grep mariadbmariadb-libs-5.5.44-2.el7.centos.x86_64# 卸载系统自带的Mariadb[root@localhost ~]# rpm -e --nodeps mariadb-libs-5.5.44-2.el7
阅读更多...
Centos7安装Mongodb4

Centos7安装Mongodb4

1、下载源码包 curl -O https://fastdl.mongodb.org/linux/mongodb-linux-x86_64-rhel70-4.2.1.tgz 2、解压 放到 /usr/local/ 目录下 tar -zxvf mongodb-linux-x86_64-rhel70-4.2.1.tgzmv mongodb-linux-x86_64-rhel70-4.2.1/
阅读更多...
性能测试介绍

性能测试介绍

性能测试是一种测试方法，旨在评估系统、应用程序或组件在现实场景中的性能表现和可靠性。它通常用于衡量系统在不同负载条件下的响应时间、吞吐量、资源利用率、稳定性和可扩展性等关键指标。 为什么要进行性能测试 通过性能测试，可以确定系统是否能够满足预期的性能要求，找出性能瓶颈和潜在的问题，并进行优化和调整。 发现性能瓶颈：性能测试可以帮助发现系统的性能瓶颈，即系统在高负载或高并发情况下可能出现的问题
阅读更多...
基于人工智能的图像分类系统

基于人工智能的图像分类系统

目录 引言项目背景环境准备 硬件要求软件安装与配置系统设计 系统架构关键技术代码示例 数据预处理模型训练模型预测应用场景结论 1. 引言 图像分类是计算机视觉中的一个重要任务，目标是自动识别图像中的对象类别。通过卷积神经网络（CNN）等深度学习技术，我们可以构建高效的图像分类系统，广泛应用于自动驾驶、医疗影像诊断、监控分析等领域。本文将介绍如何构建一个基于人工智能的图像分类系统，包括环境
阅读更多...
水位雨量在线监测系统概述及应用介绍

水位雨量在线监测系统概述及应用介绍

在当今社会，随着科技的飞速发展，各种智能监测系统已成为保障公共安全、促进资源管理和环境保护的重要工具。其中，水位雨量在线监测系统作为自然灾害预警、水资源管理及水利工程运行的关键技术，其重要性不言而喻。 一、水位雨量在线监测系统的基本原理 水位雨量在线监测系统主要由数据采集单元、数据传输网络、数据处理中心及用户终端四大部分构成，形成了一个完整的闭环系统。 数据采集单元：这是系统的“眼睛”，
阅读更多...

Copyright China编程 23002807@qq.com

沪ICP备2023033072号-2