本文主要是介绍BZOJ 1264 [AHOI2006]基因匹配Match DP+BIT,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
Description
基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N。 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一些碱基(字符),将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u,则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2,如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列,则称u是s1和s2的公共子序列。 卡卡已知两个DNA序列s1和s2,求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。 [任务] 编写一个程序: 从输入文件中读入两个等长的DNA序列; 计算它们的最大匹配; 向输出文件打印你得到的结果。
Input
输入文件中第一行有一个整数N,表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基,以后将它们编号为1…N的整数。 以下还有两行,每行描述一个DNA序列:包含5N个1…N的整数,且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。
Output
输出文件中只有一个整数,即两个DNA序列的最大匹配数目。
Sample Input
2
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1
Sample Output
7
HINT
[数据约束和评分方法]
60%的测试数据中:1<=N <= 1 000
100%的测试数据中:1<=N <= 20 000
Source
原题链接
恭喜啊!bzoj终于50题了……(蒟蒻)
题意是很清晰的,1~n每个数字出现5次,给出两个不同的数组,求它们的LCS。
最大的数据中,数组长度有10^5,求LCS的O(N^2)算法肯定是不行的了。
考虑一下题目的特性:每个数字恰好出现5次。
我们在dp的时候,当a[u]=b[v],可以dp[u][v]转移。
只有相等的时候才可以!
而这题里每个数字出现5次,
所以事实上,对于每一个b[i],我们能够在a[]里面找出5个位置。
而这5个位置是可以提前记录下来的。
这样子,我们的dp转移也可以压缩到一维,然后对于每一个b[i],直接在dp[]里转移。
太含糊了,比如说:
1 2 1 2 1 1 1 2 2 2
1 1 1 1 1 2 2 2 2 2
答案是8.
我们dp[u]表示a[]里面,第u个位置前面能够匹配最长长度dp[u].
然后b[1]=1,我们就更新a[]每个1位置u的dp[u]
dp[u]=Max(dp[v])+1,1<=v<u
注意要倒着来,想法比较简单,具体不赘述了。
1 0 1 0 1 1 1 0 0 0
然后第2个1,同样找这些位置,dp更新为
1 0 2 0 2 2 2 0 0 0
……
差不多酱紫吧……
然后可以看到有一个找最大值的过程。
维护一个数据结构就好了……树状数组就够了,反正1~k的max。
#include<bits/stdc++.h>
using namespace std;
int read(){int x=0,f=1;char ch=getchar();while (ch<'0' || ch>'9'){if (ch=='-') f=-1;ch=getchar();}while (ch>='0' && ch<='9'){x=x*10+ch-'0';ch=getchar();}return x*f;
}
const int N=20005;
int n;
int cnt[N][10];
int tree[N*5],f[N*5];
int lowbit(int x){return x&(-x);
}
void upd(int x,int y){for (int i=x;i<=5*n;i+=lowbit(i))tree[i]=max(tree[i],y);
}
int Max(int x){int t=0;for (int i=x;i;i-=lowbit(i))t=max(t,tree[i]);return t;
}
void update(int x){f[x]=Max(x-1)+1;upd(x,f[x]);
}
int main(){n=read();int tmp;for (int i=1;i<=5*n;i++){tmp=read();cnt[tmp][++cnt[tmp][0]]=i;}for (int i=1;i<=5*n;i++){tmp=read();for (int j=5;j;j--)update(cnt[tmp][j]);} int ans=0;for (int i=1;i<=5*n;i++)ans=max(ans,f[i]);printf("%d\n",ans);return 0;
}
这篇关于BZOJ 1264 [AHOI2006]基因匹配Match DP+BIT的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!