Plotting in R for Biologists

2024-03-17 08:58
文章标签 plotting biologists

本文主要是介绍Plotting in R for Biologists,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

数据

library(ggplot2)

filename <- "/home/taoyan/Plotting in R for Biologists/Lesson-01/Encode_HMM_data.txt"

my_data <- read.csv(filename, sep="\t", header=FALSE)

# 查看一下数据

head(my_data)



对数据列名重命名

names(my_data)[1:4] <- c("chrom","start","end","type")

head(my_data)   


绘图

对不同染色体上的不同type绘制柱形图

ggplot(data = my_data, aes(x= chrom, fill= type))+geom_bar()


保存

如果想直接保存图片到文件中,可以用dev.off,R语言支持多种图形类型

png("Lesson-01/plot.png")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()


tiff("Lesson-01/plot.tiff")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()


jpeg("Lesson-01/plot.jpg")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()


pdf("Lesson-01/plot.pdf")

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()


# 设置清晰度

png("Lesson-01/plot_hi_res.png",1000,1000)

ggplot(my_data,aes(x=chrom,fill=type)) + geom_bar()

dev.off()

这节课比较简单,没什么知识点,当然如果R语言没入门的话读个数据都困难重重,所以如果基础不太好的可以直接去youtube看视频,讲的很详细。

##SessionInfo

sessionInfo()





这篇关于Plotting in R for Biologists的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/818479

相关文章

Backtrader 文档学习- Plotting

Backtrader 文档学习- Plotting 虽然回测是一个基于数学计算的自动化过程,还是希望实际通过可视化验证。无论是使用现有算法回测,还是观察数据驱动的指标(内置或自定义)。 凡事都要有人完成,绘制数据加载、指标、操作执行、现金和投资组合价值的演变,可以帮助人们更好地了解正在发生的事情,放弃/修改/创造的思考,查看图表的人对可视化信息做处理 。 这就是为什么backtrader使用

Backtrader 文档学习- Plotting -Plotting on the same axis

Backtrader 文档学习- Plotting -Plotting on the same axis 1.概述 在同一轴上绘图,绘图是在同一空间上绘制原始数据和稍微(随机)修改的数据,但不是在同一轴上。 核心代码,data数据正负50点。 # The filter which changes the close pricedef close_changer(data, *args,

Plotting Logarithmic Error Bars(如何在log log plot中绘制误差条)

Suppose that one has a sufficient number of measurements to make an estimate of a measured quantity y y y and report its absolute error, ± δ y \pm\delta y ±δy. The absolute error ± δ y \pm\delta y