生信技能40 - Clinvar数据库VCF文件下载和关键信息提取

2024-03-05 04:44

本文主要是介绍生信技能40 - Clinvar数据库VCF文件下载和关键信息提取,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

Clinvar 下载VCF文件

# 后台下载最新版本VCF
wget -c -b https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20240301.vcf.gz# 解压
gzip -d clinvar_20240301.vcf.gz

读取Clinvar VCF文件

# vcf文件路径
clinvar_vcf = "clinvar_20240301.vcf"
df_clinvar_vcf= pd.read_csv(clinvar_vcf , sep

这篇关于生信技能40 - Clinvar数据库VCF文件下载和关键信息提取的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/775363

相关文章

Spring Security基于数据库验证流程详解

Spring Security 校验流程图 相关解释说明(认真看哦) AbstractAuthenticationProcessingFilter 抽象类 /*** 调用 #requiresAuthentication(HttpServletRequest, HttpServletResponse) 决定是否需要进行验证操作。* 如果需要验证,则会调用 #attemptAuthentica

MySQL数据库宕机,启动不起来,教你一招搞定!

作者介绍:老苏,10余年DBA工作运维经验,擅长Oracle、MySQL、PG、Mongodb数据库运维(如安装迁移,性能优化、故障应急处理等)公众号:老苏畅谈运维欢迎关注本人公众号,更多精彩与您分享。 MySQL数据库宕机,数据页损坏问题,启动不起来,该如何排查和解决,本文将为你说明具体的排查过程。 查看MySQL error日志 查看 MySQL error日志,排查哪个表(表空间

常用的jdk下载地址

jdk下载地址 安装方式可以看之前的博客: mac安装jdk oracle 版本:https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/ Eclipse Temurin版本:https://adoptium.net/zh-CN/temurin/releases/ 阿里版本: github:https://github.com/

2. 下载rknn-toolkit2项目

官网链接: https://github.com/airockchip/rknn-toolkit2 安装好git:[[1. Git的安装]] 下载项目: git clone https://github.com/airockchip/rknn-toolkit2.git 或者直接去github下载压缩文件,解压即可。

深入理解数据库的 4NF:多值依赖与消除数据异常

在数据库设计中, "范式" 是一个常常被提到的重要概念。许多初学者在学习数据库设计时,经常听到第一范式(1NF)、第二范式(2NF)、第三范式(3NF)以及 BCNF(Boyce-Codd范式)。这些范式都旨在通过消除数据冗余和异常来优化数据库结构。然而,当我们谈到 4NF(第四范式)时,事情变得更加复杂。本文将带你深入了解 多值依赖 和 4NF,帮助你在数据库设计中消除更高级别的异常。 什么是

DM8数据库安装后配置

1 前言 在上篇文章中,我们已经成功将库装好。在安装完成后,为了能够更好地满足应用需求和保障系统的安全稳定运行,通常需要进行一些基本的配置。下面是一些常见的配置项: 数据库服务注册:默认包含14个功能模块,将这些模块注册成服务后,可以更好的启动和管理这些功能;基本的实例参数配置:契合应用场景和发挥系统的最大性能;备份:有备无患;… 2 注册实例服务 注册了实例服务后,可以使用系统服务管理,

速了解MySQL 数据库不同存储引擎

快速了解MySQL 数据库不同存储引擎 MySQL 提供了多种存储引擎,每种存储引擎都有其特定的特性和适用场景。了解这些存储引擎的特性,有助于在设计数据库时做出合理的选择。以下是 MySQL 中几种常用存储引擎的详细介绍。 1. InnoDB 特点: 事务支持:InnoDB 是一个支持 ACID(原子性、一致性、隔离性、持久性)事务的存储引擎。行级锁:使用行级锁来提高并发性,减少锁竞争

开源分布式数据库中间件

转自:https://www.csdn.net/article/2015-07-16/2825228 MyCat:开源分布式数据库中间件 为什么需要MyCat? 虽然云计算时代,传统数据库存在着先天性的弊端,但是NoSQL数据库又无法将其替代。如果传统数据易于扩展,可切分,就可以避免单机(单库)的性能缺陷。 MyCat的目标就是:低成本地将现有的单机数据库和应用平滑迁移到“云”端

ORACLE 11g 创建数据库时 Enterprise Manager配置失败的解决办法 无法打开OEM的解决办法

在win7 64位系统下安装oracle11g,在使用Database configuration Assistant创建数据库时,在创建到85%的时候报错,错误如下: 解决办法: 在listener.ora中增加对BlueAeri-PC或ip地址的侦听,具体步骤如下: 1.启动Net Manager,在“监听程序”--Listener下添加一个地址,主机名写计

MyBatis 切换不同的类型数据库方案

下属案例例当前结合SpringBoot 配置进行讲解。 背景: 实现一个工程里面在部署阶段支持切换不同类型数据库支持。 方案一 数据源配置 关键代码(是什么数据库,该怎么配就怎么配) spring:datasource:name: test# 使用druid数据源type: com.alibaba.druid.pool.DruidDataSource# @需要修改 数据库连接及驱动u