vcf专题

使用geneHapR进行基因单倍型分析(以vcf文件为例)

前记        在群体基因组学研究中,我们常常需要知道一些位点的变异情况,以便于根据对应的表型信息估算这些位点的效应,同时了解这些位点在不同亚群之间的变化情况。这个时候我们就需要进行单倍型分析(Haplotype Analysis),单倍型分析是研究基因组中特定区域的单倍型状态的方法,通过确定个体的单倍型组合及其频率,了解基因座间的关联性以及对特定性状影响。        geneHapR

生信技能40 - Clinvar数据库VCF文件下载和关键信息提取

Clinvar 下载VCF文件 # 后台下载最新版本VCFwget -c -b https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/clinvar_20240301.vcf.gz# 解压gzip -d clinvar_20240301.vcf.gz 读取Clinvar VCF文件 # vcf文件路径clinvar_vcf = "cl

如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息

如何用vcftools从VCF文件中提取某条染色体信息 vcftools --gzvcf input.vcf --chr n --recode – recode-INFO-all --stdout | gzip -c > output.vcf.gz 说明: –gzvcf:处理压缩格式的vcf文件(可替换为–vcf) –chr n:选择染色体n,例:–chr 1 –recode:重新编码为vcf文

excl转vcf格式导入手机通讯录

通过QQ官方的找回密码网页,会出现这个界面  至此我们获得的了q绑的5位数186******49 众所周知手机号码前三位是运营商,然后接着4位是区号,一般区号都是有36种,那么没确定的就只剩下2位了。所以,这样就能把范围缩小到3600个里面。 列如:对方是江苏盐城的,则有25个号段,  那么对方手机号码就是1860150**49等,一共25*100,2500种可能。 下一

PAIP VCF通讯录的乱码以及导入导出

分享一下我老师大神的人工智能教程。零基础!通俗易懂!风趣幽默!还带黄段子!希望你也加入到我们人工智能的队伍中来!https://blog.csdn.net/jiangjunshow PAIP.VCF通讯录的乱码以及导入导出手上有一个VCF通讯录。。不过都是UTF编码。。在WIN7自带的联系人导 入时显示乱码..FOXMAIL到是不乱码,不过只能导一个。。QQ的邮箱通 讯录也不能识别... 网上说

snpEff 注释拟南芥的VCF文件

1. 下载snpEff 软件,解压即可使用,使用前安装java。 brew cask install java。#macos 系统,其他系统请下载安装 2. 在tair 网站https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FSequences%2FTAIR10_blastsets,https:

vcf样本基因型提取--PyVCF处理

需要提取vcf文件的样本基因型,原始文件: 代码: import vcfvcf_reader = vcf.Reader(filename=r"I:/1000GenomeProject/vcftools_filter/chr22_filter.recode.vcf")genomeType=[]for record in vcf_reader:# 样本个数# print(record._sam

vcf导入手机通讯录时姓名颠倒

目录 vcf导入手机通讯录时姓名颠倒问题准备工具用Gmail将vcf转为cvs用Excel打开csv文件进行编辑然后再通过Gmail将csv转为vcf最后再将转换完的vcf导入到手机 vcf导入手机通讯录时姓名颠倒问题 今天我换手机备份手机通讯录,拿vcf文件往手机里导入的时候,发现了一个问题,姓氏和名字都颠倒了,百度全网都没有教程,我自己研究了半天,最后完美解决。方法如下。