北京基因组所(国家生物信息中心)发布全转录组关联研究知识库TWAS Atlas

本文主要是介绍北京基因组所(国家生物信息中心)发布全转录组关联研究知识库TWAS Atlas,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

近日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心开发的全转录组关联研究知识库正式上线。该研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research 在线发表。

全转录组关联研究(Transcriptome-Wide Association Study, TWAS)技术的兴起为探索人类复杂性状或疾病相关的关键基因提供了有效手段。近年来,国内外大规模TWAS研究陆续开展,相关数据也呈现逐年增长趋势,亟需相应的标准化整合、挖掘及可视化分析。为应对这一需求,国家基因组科学数据中心开发了TWAS Atlas知识库系统,为基因-性状关联知识的创建和挖掘提供重要参考。

b9a4dc0341b8f0bed5b438e52f21010c.png

TWAS Atlas为用户提供多渠道的数据浏览、检索和下载功能。目前,TWAS Atlas 1.0版本共计整合来自200篇TWAS研究的分析数据,通过人工审编获得401,266条高质量的人类基因-性状关联条目,涉及257种性状,22,247个基因及135种组织类型,并同步收集了研究相关元数据和注释信息。此外,通过系统整合基因-性状关联信息与来自GTEx数据库的SNP-基因关联信息,数据库从头构建了一个综合性的交互式SNP-基因-性状关联知识图谱,实现了多疾病、多组织、多组学层次关联调控关系的在线解析和可视化,可为相关研究人员的个性化研究提供可靠参考和有益信息。

ec6e475292d89eefd38625986bfec482.png

中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)博士研究生路明明、特别研究助理张亚东、中国医学科学院医学信息研究所杨丰春、北京基因组研究所(国家生物信息中心)硕士研究生麦嘉琳为本文共同第一作者,中国医学科学院医学信息研究所李姣、北京基因组研究所(国家生物信息中心)曾瀞瑶助理研究员和肖景发研究员为共同通讯作者。本研究得到中科院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发计划、中科院青促会等项目资助。

生物大数据时代,如何做好数据管理和再利用,发IF10+的数据库文章?

往期精品(点击图片直达文字对应教程)

5588524007c5a8add7a6110b918ee0dc.jpeg

981458ff57e4046b634bd19a007b0e2f.jpeg

4fe5c19072d3913280f4338a253930a4.jpeg

1285389647abbd24b3d4b91fe714211b.jpeg

8248a1e48b725e7cf020eb17e9b53a5a.jpeg

781e9184288836477b9dee0b1e417b27.jpeg

ddcf777e2bb0aa36f8d75295e32cfcef.jpeg

255f14d62c718d9fa500b571c3afe700.jpeg

3ca8165f00fc19fa401ccdc6a430fbf7.jpeg

41f2f1f234789824a4e8e2bc2a4a7812.jpeg

64c2d3f194348defbd735907d4db3b42.jpeg

238745bd7f45e778c121e7a88fd4fea6.jpeg

cdeaa92f79a1e2902d1d75066a8d678d.png

9baa6be82b776c4fb25d1fe8e4f08616.png

b70ac49bc040b0aab37e6e78c9151396.png

7f23cdb78b267eed03279e0265fe8ae8.png

115ee40fb09a55d440d3d0fc3619e531.jpeg

cca9764a4206c94b0a5fedacbf9bc23a.jpeg

7a48c8a9c1f77c38d3587184c5b430e3.jpeg

ebc575590d074244fa9cfb47f982c623.jpeg

6ca5d53b9cc88fe018aad59c187e13dc.png

93ab1271a445f0d9b3755b5b2bd8c11b.png

dbb0f094a1e3a958e2f52ea2ed5fe8e3.jpeg

49f80d894a647927f738991daf6f34e6.png

9217a68d142fe8970e3fb891dbd2b528.png

6a632a8dd0f05205ae1ed0e11d7b4af5.jpeg

0a80b670443f7037b36f945df276d45b.png

4faff3306fd31dc5d9369930400413e0.png

机器学习

后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集

8655699ce4d9c184be3846058b784194.jpeg

5f44f3af19f77ac4a2874a33a33a06e9.jpeg

db039fa4040777743f8778020d7b7d01.png

这篇关于北京基因组所(国家生物信息中心)发布全转录组关联研究知识库TWAS Atlas的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/617503

相关文章

微信公众号脚本-获取热搜自动新建草稿并发布文章

《微信公众号脚本-获取热搜自动新建草稿并发布文章》本来想写一个自动化发布微信公众号的小绿书的脚本,但是微信公众号官网没有小绿书的接口,那就写一个获取热搜微信普通文章的脚本吧,:本文主要介绍微信公众... 目录介绍思路前期准备环境要求获取接口token获取热搜获取热搜数据下载热搜图片给图片加上标题文字上传图片

SpringKafka消息发布之KafkaTemplate与事务支持功能

《SpringKafka消息发布之KafkaTemplate与事务支持功能》通过本文介绍的基本用法、序列化选项、事务支持、错误处理和性能优化技术,开发者可以构建高效可靠的Kafka消息发布系统,事务支... 目录引言一、KafkaTemplate基础二、消息序列化三、事务支持机制四、错误处理与重试五、性能优

新特性抢先看! Ubuntu 25.04 Beta 发布:Linux 6.14 内核

《新特性抢先看!Ubuntu25.04Beta发布:Linux6.14内核》Canonical公司近日发布了Ubuntu25.04Beta版,这一版本被赋予了一个活泼的代号——“Plu... Canonical 昨日(3 月 27 日)放出了 Beta 版 Ubuntu 25.04 系统镜像,代号“Pluc

Nginx实现前端灰度发布

《Nginx实现前端灰度发布》灰度发布是一种重要的策略,它允许我们在不影响所有用户的情况下,逐步推出新功能或更新,通过灰度发布,我们可以测试新版本的稳定性和性能,下面就来介绍一下前端灰度发布的使用,感... 目录前言一、基于权重的流量分配二、基于 Cookie 的分流三、基于请求头的分流四、基于请求参数的分

使用DeepSeek搭建个人知识库(在笔记本电脑上)

《使用DeepSeek搭建个人知识库(在笔记本电脑上)》本文介绍了如何在笔记本电脑上使用DeepSeek和开源工具搭建个人知识库,通过安装DeepSeek和RAGFlow,并使用CherryStudi... 目录部署环境软件清单安装DeepSeek安装Cherry Studio安装RAGFlow设置知识库总

mysql关联查询速度慢的问题及解决

《mysql关联查询速度慢的问题及解决》:本文主要介绍mysql关联查询速度慢的问题及解决方案,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助,如有错误或未考虑完全的地方,望不吝赐教... 目录mysql关联查询速度慢1. 记录原因1.1 在一次线上的服务中1.2 最终发现2. 解决方案3. 具体操作总结mysql

定价129元!支持双频 Wi-Fi 5的华为AX1路由器发布

《定价129元!支持双频Wi-Fi5的华为AX1路由器发布》华为上周推出了其最新的入门级Wi-Fi5路由器——华为路由AX1,建议零售价129元,这款路由器配置如何?详细请看下文介... 华为 Wi-Fi 5 路由 AX1 已正式开售,新品支持双频 1200 兆、配有四个千兆网口、提供可视化智能诊断功能,建

使用 sql-research-assistant进行 SQL 数据库研究的实战指南(代码实现演示)

《使用sql-research-assistant进行SQL数据库研究的实战指南(代码实现演示)》本文介绍了sql-research-assistant工具,该工具基于LangChain框架,集... 目录技术背景介绍核心原理解析代码实现演示安装和配置项目集成LangSmith 配置(可选)启动服务应用场景

MYSQL关联关系查询方式

《MYSQL关联关系查询方式》文章详细介绍了MySQL中如何使用内连接和左外连接进行表的关联查询,并展示了如何选择列和使用别名,文章还提供了一些关于查询优化的建议,并鼓励读者参考和支持脚本之家... 目录mysql关联关系查询关联关系查询这个查询做了以下几件事MySQL自关联查询总结MYSQL关联关系查询

五大特性引领创新! 深度操作系统 deepin 25 Preview预览版发布

《五大特性引领创新!深度操作系统deepin25Preview预览版发布》今日,深度操作系统正式推出deepin25Preview版本,该版本集成了五大核心特性:磐石系统、全新DDE、Tr... 深度操作系统今日发布了 deepin 25 Preview,新版本囊括五大特性:磐石系统、全新 DDE、Tree