linux超线程会拖慢vasp计算速度,VASP跑MD的问题

17 个回复

willykohn

耳朵

2008-04-16

1. 1000步太少了。

2. 初始态离平衡态太远了

【 在 abalone (纳米光学？) 的大作中提到: 】

: 想在300K下跑一个NVE

: 于是先把系统在300K下跑了1000步NVT

: 然后用了两种方法跑NVE

: ...................

abalone

纳米光学？

2008-04-16

初始态是0K下geometry optimization后的结构

应该离平衡态不是很远

1k如果少了，大概多少步比较合适？

我平均一步要将近1分钟，请问你觉得大概最少多少步可以接受？

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: 1. 1000步太少了。

: 2. 初始态离平衡态太远了

willykohn

耳朵

2008-04-16

不知道你是什么系统。NVT1000步，动能可能平衡了，可是势能还差得太远了。你说的离平衡位置不远有可能是指位置差得不远，但你可以估计一下，势能差多少？

你用最后一次的NVE结果再去跑NVT，然后再看温度升到多高，就差不多能估计出要多少部了。

一般说从一个远离平衡的态出发想要平衡的话，比较有效的是NVT和NVE交替的用几次，每一次都刚刚到平衡附近。这样能比较快的到平衡。

还有你每一步的时间间隔如果太小的话，要跑的次数就更多了。

【 在 abalone (纳米光学？) 的大作中提到: 】

: 初始态是0K下geometry optimization后的结构

: 应该离平衡态不是很远

: 1k如果少了，大概多少步比较合适？

: ...................

abalone

纳米光学？

2008-04-16

还是不太明白

你说的用NVE的结果跑NVT，然后看温度，这是什么意思？

既然是NVT温度就是指定的啊

比如NVE最后结果是T=150K

如果我设定温度300K，就会每一步scale温度

怎么看温度升到多高？

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: 不知道你是什么系统。NVT1000步，动能可能平衡了，可是势能还差得太远了。你说的离平衡位置不远有可能是指位置差得不远，但你可以估计一下，势能差多少？

: 你用最后一次的NVE结果再去跑NVT，然后再看温度升到多高，就差不多能估计出要多少部了。

: 一般说从一个远离平衡的态出发想要平衡的话，比较有效的是NVT和NVE交替的用几次，每一次都刚刚到平衡附近。这样能比较快的到平衡。

: ...................

willykohn

耳朵

2008-04-16

回到NVE中看

【 在 abalone (纳米光学？) 的大作中提到: 】

: 还是不太明白

: 你说的用NVE的结果跑NVT，然后看温度，这是什么意思？

: 既然是NVT温度就是指定的啊

: ...................

reacher2004

reacher

2008-04-16

出现这个结果是合理的。想要得到300K下的NVE，初始按500K左右给随机速度，按NVE计算，很快就可以达到稳态，温度在300K左右，当然不是精确的，只是估计。多试几次初始温度才能比较准确的得到300K

【 在 abalone (纳米光学？) 的大作中提到: 】

: 想在300K下跑一个NVE

: 于是先把系统在300K下跑了1000步NVT

: 然后用了两种方法跑NVE

: ...................

willykohn

耳朵

2008-04-16

How can you convince yourself what you get is in an equilibrium state?

【 在 reacher2004 (reacher) 的大作中提到: 】

: 出现这个结果是合理的。想要得到300K下的NVE，初始按500K左右给随机速度，按NVE计算，很快就可以达到稳态，温度在300K左右，当然不是精确的，只是估计。多试几次初始温度才能比较准确的得到300K

reacher2004

reacher

2008-04-17

稳态，能量趋衡

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: How can you convince yourself what you get is in an equilibrium state?

willykohn

耳朵

2008-04-17

Usually, a MD simulation takes at least several ps to reach the equilibrium state. During this course, in most of the time, the energy changes very few, but the system are not equilibrium.

I don't know what quantity is of interest in this case. If the measurement is sensitively dependent on the balance state, the result is problematic when the system doesn't have enough equilibrium time before measurement.

【 在 reacher2004 (reacher) 的大作中提到: 】

: 稳态，能量趋衡

reacher2004

reacher

2008-04-17

这是两个问题。

1. 你在说的是平衡不平衡的问题。现在MD判断平衡都是靠经验，能量变化小于一定的值就认为平衡了。平衡也是这个意义下的平衡。

你说体系不平衡，那你判断平衡的准则是什么？

2. 以300K初始温度计算NVE，大概三五个热振动周期后就会降到100多K，你再计算无穷长时间也是100多K,所以根本不是弛豫平不平衡的问题。

NVT和NVE是两个不同的平衡态，从NVT跳到NVE，温度剧烈变化是必然的，从模拟经验来判断，预先给一个高的初始温度才能在NVE达到较低的平衡温度。

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: Usually, a MD simulation takes at least several ps to reach the equilibrium state. During this course, in most of the time, the energy changes very few, but the system are not equilibrium.

: I don't know what quantity is of interest in this case. If the measurement is sensitively dependent on the balance state, the result is problematic when the system doesn't have enough equilibrium time before measurement.

willykohn

耳朵

2008-04-17

1. 我想说的就是能量不是一个好的判断标准。在能量变化不大的情况下，体系内部还是有应力的。这个通常要10倍以上的时间来消除。如果需要你可以测一下体系的应力来作一个标准。

2. 一次NVT就精确到所设定的温度是不可能的。在NVT和NVE的交替使用中，NVT是起驱动系统的作用。NVE是让系统有时间来松弛和消去应力。这样反复处理的系统才会用来测其他的数据。

3. 平衡的过程可能是整个模拟的大部分时间。特别是有长程力的时候。

【 在 reacher2004 (reacher) 的大作中提到: 】

: 这是两个问题。

: 1. 你在说的是平衡不平衡的问题。现在MD判断平衡都是靠经验，能量变化小于一定的值就认为平衡了。平衡也是这个意义下的平衡。

: 你说体系不平衡，那你判断平衡的准则是什么？

: ...................

reacher2004

reacher

2008-04-18

这里没有好和坏的问题。同样的我也可以说，应力很小的情况下，能量还是有变化的。这完全取决于你认为多大的变化是可以接受的。

这样也许可以比较好的达到300K的NVT平衡态，但是，

NVT(300K)－> NVE(100多K)－> NVT(300K)－> NVE(100多K)...,最后如何得到300K的NVE平衡态？谢谢

同1，取决于你的标准。

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: 1. 我想说的就是能量不是一个好的判断标准。在能量变化不大的情况下，体系内部还是有应力的。这个通常要10倍以上的时间来消除。如果需要你可以测一下体系的应力来作一个标准。

: 2. 一次NVT就精确到所设定的温度是不可能的。在NVT和NVE的交替使用中，NVT是起驱动系统的作用。NVE是让系统有时间来松弛和消去应力。这样反复处理的系统才会用来测其他的数据。

: 3. 平衡的过程可能是整个模拟的大部分时间。特别是有长程力的时候。

willykohn

耳朵

2008-04-20

Your reply drove me crazy!

It shows that you don't really know the relaxation of a system when it is released from a non-equilibrium state.

Using the combination of NVT and NVE to achieve equilibrium is a common practice in MD. If you never did that before, please do it one time, you will understand what I meant.

Hope this can give you some help.

【 在 reacher2004 (reacher) 的大作中提到: 】

: 这里没有好和坏的问题。同样的我也可以说，应力很小的情况下，能量还是有变化的。这完全取决于你认为多大的变化是可以接受的。

: 这样也许可以比较好的达到300K的NVT平衡态，但是，

: NVT(300K)－> NVE(100多K)－> NVT(300K)－> NVE(100多K)...,最后如何得到300K的NVE平衡态？谢谢

: ...................

ruster

建议刑法设立卢瑟罪和猥琐罪

2008-04-20

laf!

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: Your reply drove me crazy!

: It shows that you don't really know the relaxation of a system when it is released from a non-equilibrium state.

: Using the combination of NVT and NVE to achieve equilibrium is a common practice in MD. If you never did that before, please do it one time, you will understand what I meant.

: ...................

willykohn

耳朵

2008-04-20

有什么好笑的？

【 在 ruster (企鹅之王) 的大作中提到: 】

: laf!

abalone

纳米光学？

2008-04-22

我只是想不通，为什么交替着跑会比先NVT n步，再NVE n步要快？

麻烦你解释一下

因为abinitio MD，步数实在是个大问题

我现在在infinite band的机器上跑，8个节点，16个core, 将近5分钟才能跑一步

另外，我试过直接在0 K的平衡位置，把温度一次性加到600K(系统并未蒸发的情况下)

最后基本能稳定在300K左右

【 在 willykohn (耳朵) 的大作中提到: 】

: Your reply drove me crazy!

: It shows that you don't really know the relaxation of a system when it is released from a non-equilibrium state.

: Using the combination of NVT and NVE to achieve equilibrium is a common practice in MD. If you never did that before, please do it one time, you will understand what I meant.

: ...................

gzgzgz

shark

2008-04-25

系统自由度少的话，会比较容易翻过势垒找到深点的势阱蹲下，

好比你早上吃了一碗饭，累的半死好不容易从海平面0米处爬到3000米高峰

却一下子掉进了海平面-1000米深的峡谷里，你要到的平衡态在另一个

海平面-5000米深的峡谷里，你想到那先得从这里爬出去，NVE就是假定原来你吃的

饭加上你的地势也就是总共海平面3000米的势能不变。那你怎么爬得出去？NVT就是能

给你吃饭加能量帮你爬出去。

【 在 abalone (纳米光学？) 的大作中提到: 】

: 我只是想不通，为什么交替着跑会比先NVT n步，再NVE n步要快？

: 麻烦你解释一下

: 因为abinitio MD，步数实在是个大问题

: ...................