figaro软件 dada2切断位置的确定 trimmomatic预处理

2023-11-30 16:50

本文主要是介绍figaro软件 dada2切断位置的确定 trimmomatic预处理,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

官网指导与学习

在这里插入图片描述

需要长度一样的配对双端 所以需要trimmomatic 预处理

下载与安装,下载用本地虚拟机就可以

git clone https://github.com/Zymo-Research/figaro.git
cd figaro
# depending on your system configuration, the following commands
# are either python3/pip3 or python/pip
python3 setup.py bdist_wheel
pip3 install --force-reinstall dist/*.whl
figaro -i /path/to/fastq/directory -o /path/to/output/files -a [amplicon length] \-f [forward primer length] -r [reverse primer length]

trimmomatic 预处理

一个细节
#导出的顺序
mySampleFiltered_1P.fq.gz - for paired forward reads
mySampleFiltered_1U.fq.gz - for unpaired forward reads
mySampleFiltered_2P.fq.gz - for paired reverse reads
mySampleFiltered_2U.fq.gz - for unpaired reverse reads
【CROP为保留长度】
trimmomatic PE -phred33 /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control100A_1.fq.gz /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control100A_2.fq.gz 1_16s_R1.fastq.gz 01fq.gz 1_16s_R2.fastq.gz 01fq.gz  HEADCROP:1 CROP:260 MINLEN:260trimmomatic PE -phred33 /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control102A_1.fq.gz /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control102A_2.fq.gz 2_16s_R1.fastq.gz 01fq.gz 2_16s_R2.fastq.gz 01fq.gz  HEADCROP:1 CROP:260 MINLEN:260trimmomatic PE -phred33 /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control101A_1.fq.gz /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control101A_2.fq.gz 3_16s_R1.fastq.gz 01fq.gz 3_16s_R2.fastq.gz 01fq.gz  HEADCROP:1 CROP:260 MINLEN:260trimmomatic PE -phred33 /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control109A_1.fq.gz /home/dengqr/dataset/cheng/00sequences/Control109A_2.fq.gz 4_16s_R1.fastq.gz 01fq.gz 4_16s_R2.fastq.gz 01fq.gz  HEADCROP:1 CROP:260 MINLEN:260

配对双端转到单独文件夹,并解压

需要考虑的问题 Attention

341F (5’-ACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3’) and
806R (5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’).
806-341=465
Amplicon size should only be the length of the targets sequence and should not include primers

465-20-20=425

在这里插入图片描述

可以多个样本一起处理的,记得解压在一起

fastq的命令方式一定要参照我的

figaro -i 1/ -o data1 -a 425 -f 1 -r 1
figaro -i 2/ -o data2 -a 425 -f 1 -r 1

这篇关于figaro软件 dada2切断位置的确定 trimmomatic预处理的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/437792

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