最近做RNA-seq，正好把流程整理下，也希望分享和相互学习。 具体将以Fastqc + Trimmomatic + STAR + HTseq-count + DEseq2的流程来进行。 查看数据完整性 for dir in `ls`; do cd $dir; md5sum -c MD5_*txt; cd ..; done 预处理 FastQC + Trimmomatic fas

官网指导与学习 需要长度一样的配对双端 所以需要trimmomatic 预处理 下载与安装，下载用本地虚拟机就可以 git clone https://github.com/Zymo-Research/figaro.gitcd figaro# depending on your system configuration, the following commands# are ei

文章目录 一、前言二、软件介绍三、相关链接四、软件下载五、软件使用1、修剪步骤说明2、运行程序（1）单端模式（2）双端模式（3）输入/输出文件（4）注解 3、参数详情（1）详情说明（2）示例 一、前言 关于这篇博客只是网上调研的结果，博主本人并没有对这个软件进行过实际操作，纯属纸上谈兵，更多的只是对官网使用工具书的翻译，且不全，没有涉及具体算法，仅涉及用法，如有出错或侵权，