孟德尔随机化 MR入门基础-简明教程-工具变量-暴露

本文主要是介绍孟德尔随机化 MR入门基础-简明教程-工具变量-暴露,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

孟德尔随机化(MR)入门介绍和分章分享(暂时不解读)

大家好,孟德尔随机化大火,但是什么是孟德尔随机化,具体怎么实操呢

这没有其他教程的繁冗,我这篇讲最基础的孟德尔随机化的核心步骤,这个理解之后,再去考虑混杂因素等等术语。

孟德尔随机化(MR),其实是研究两个变量之间的因果关系。也就是研究谁决定了谁,是因果关系,而不是相关关系。

我画了一张图,协助理解:

图片

图片

现在再来读这句话是不是就理解MR了:孟德尔随机化(Mendelian Randomization, MR)是流行病学研究中评估病因推断的数据分析技巧,它是利用与暴露因素具有强相关的遗传变异作为工具变量,来评估暴露因素与结局之间的因果关系。


 现在对三大假设是不是理解更深些了:

孟德尔随机化三大假设:

①关联性假设: SNP与暴露因素之间是强相关的。

②独立性假设: SNP与混杂因素之间是独立的。(本文暂没提到这一点)

③排他性假设: SNP只能通过暴露因素对结局产生作用。


现在再来详细介绍MR,会不会好理解些:

1 MR 背景与目的
1.1目的是明确因果关系
在关联分析中我们时常面对的一个问题便是 我们很难确定一个变量是否是真正的因果变量,而非有其他未观测的因素同时影响这个变量与结果,造成这个变量与结果相关联。在循证医学中,或是制定干预策略时,明确因果性是十分必要的。
这个问题实际上与内生性 endogeneity 相关,包括:反向因果关系 reverse causation, 忽略的混淆变量造成的偏倚 omitted variable bias due to confounding, 测量误差measurement error, 以及双向因果关系bidirectional causality等等问题。(这里的内生性在统计学上是指在回归分析中,解释变量(x)与误差项相关。)
1.2. RCT是金标准,但缺点明显
一般来说,明确因果关系的金标准时随机对照试验 RCT randomized control trial (RCT), 即对受试者随机分为对照组和实验组,以研究某个因素的影响。但现实中,要完成随机对照试验的难度非常高,需要大量的人力物力,有时因为伦理问题,对某个因素的研究几乎是不可能的。这时我们就要借助其他方法,而孟德尔随机化就是其中之一。
1.3. 孟德尔随机化与RCT的相似性
孟德尔随机化(MR,Mendelian randomization)便是为了解决以上问题而开发的方法,MR与RCT直接相关,两者有很高的相似性,如下图所示。

图片

孟德尔随机化的核心其实是利用了孟德尔第二定律,也就是自由组合规律(law of independent assortment),当具有两对(或更多对)相对性状的亲本进行杂交,在子一代产生配子时,在等位基因分离的同时,非同源染色体上的基因表现为自由组合,这一过程类似于随机对照试验中的随机分组,所以我个人理解的孟德尔随机化就是 基于孟德尔第二定律的随机对照试验。


为什么MR可以探究因果关系呢,大家可以看下这篇文章的介绍部分,有助于理解MR

图片

 欢迎评论

这篇关于孟德尔随机化 MR入门基础-简明教程-工具变量-暴露的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/426451

相关文章

Spring Security 从入门到进阶系列教程

Spring Security 入门系列 《保护 Web 应用的安全》 《Spring-Security-入门(一):登录与退出》 《Spring-Security-入门(二):基于数据库验证》 《Spring-Security-入门(三):密码加密》 《Spring-Security-入门(四):自定义-Filter》 《Spring-Security-入门(五):在 Sprin

Makefile简明使用教程

文章目录 规则makefile文件的基本语法:加在命令前的特殊符号:.PHONY伪目标: Makefilev1 直观写法v2 加上中间过程v3 伪目标v4 变量 make 选项-f-n-C Make 是一种流行的构建工具,常用于将源代码转换成可执行文件或者其他形式的输出文件(如库文件、文档等)。Make 可以自动化地执行编译、链接等一系列操作。 规则 makefile文件

变量与命名

引言         在前两个课时中,我们已经了解了 Python 程序的基本结构,学习了如何正确地使用缩进来组织代码,并且知道了注释的重要性。现在我们将进一步深入到 Python 编程的核心——变量与命名。变量是我们存储数据的主要方式,而合理的命名则有助于提高代码的可读性和可维护性。 变量的概念与使用         在 Python 中,变量是一种用来存储数据值的标识符。创建变量很简单,

高效录音转文字:2024年四大工具精选!

在快节奏的工作生活中,能够快速将录音转换成文字是一项非常实用的能力。特别是在需要记录会议纪要、讲座内容或者是采访素材的时候,一款优秀的在线录音转文字工具能派上大用场。以下推荐几个好用的录音转文字工具! 365在线转文字 直达链接:https://www.pdf365.cn/ 365在线转文字是一款提供在线录音转文字服务的工具,它以其高效、便捷的特点受到用户的青睐。用户无需下载安装任何软件,只

零基础学习Redis(10) -- zset类型命令使用

zset是有序集合,内部除了存储元素外,还会存储一个score,存储在zset中的元素会按照score的大小升序排列,不同元素的score可以重复,score相同的元素会按照元素的字典序排列。 1. zset常用命令 1.1 zadd  zadd key [NX | XX] [GT | LT]   [CH] [INCR] score member [score member ...]

数论入门整理(updating)

一、gcd lcm 基础中的基础,一般用来处理计算第一步什么的,分数化简之类。 LL gcd(LL a, LL b) { return b ? gcd(b, a % b) : a; } <pre name="code" class="cpp">LL lcm(LL a, LL b){LL c = gcd(a, b);return a / c * b;} 例题:

Java 创建图形用户界面(GUI)入门指南(Swing库 JFrame 类)概述

概述 基本概念 Java Swing 的架构 Java Swing 是一个为 Java 设计的 GUI 工具包,是 JAVA 基础类的一部分,基于 Java AWT 构建,提供了一系列轻量级、可定制的图形用户界面(GUI)组件。 与 AWT 相比,Swing 提供了许多比 AWT 更好的屏幕显示元素,更加灵活和可定制,具有更好的跨平台性能。 组件和容器 Java Swing 提供了许多

【IPV6从入门到起飞】5-1 IPV6+Home Assistant(搭建基本环境)

【IPV6从入门到起飞】5-1 IPV6+Home Assistant #搭建基本环境 1 背景2 docker下载 hass3 创建容器4 浏览器访问 hass5 手机APP远程访问hass6 更多玩法 1 背景 既然电脑可以IPV6入站,手机流量可以访问IPV6网络的服务,为什么不在电脑搭建Home Assistant(hass),来控制你的设备呢?@智能家居 @万物互联

poj 2104 and hdu 2665 划分树模板入门题

题意: 给一个数组n(1e5)个数,给一个范围(fr, to, k),求这个范围中第k大的数。 解析: 划分树入门。 bing神的模板。 坑爹的地方是把-l 看成了-1........ 一直re。 代码: poj 2104: #include <iostream>#include <cstdio>#include <cstdlib>#include <al

SWAP作物生长模型安装教程、数据制备、敏感性分析、气候变化影响、R模型敏感性分析与贝叶斯优化、Fortran源代码分析、气候数据降尺度与变化影响分析

查看原文>>>全流程SWAP农业模型数据制备、敏感性分析及气候变化影响实践技术应用 SWAP模型是由荷兰瓦赫宁根大学开发的先进农作物模型,它综合考虑了土壤-水分-大气以及植被间的相互作用;是一种描述作物生长过程的一种机理性作物生长模型。它不但运用Richard方程,使其能够精确的模拟土壤中水分的运动,而且耦合了WOFOST作物模型使作物的生长描述更为科学。 本文让更多的科研人员和农业工作者