GIF(genomic inflation factor)值的计算方法

2023-11-25 16:40

本文主要是介绍GIF(genomic inflation factor)值的计算方法,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

GIF值通常用在GWA过程中,用来控制该过程质量;鉴别出那些低质量的基因标记;例如在统计学中,GIF值大于1.0表示结果有低质量数据的出现;

那么我们如何计算gwa中的GIF呢;在matlab中,我们使用qqplot()来生成QQplot图,但是这并不意味这我们能够很容易的计算并得到GIF值,我们生成QQplot以后才能从头计算GIF。

第一步就是,我们首先得到正态分布的期望顺序统计量;正态分布的第i次顺序统计量服从参数(i,n-i+1)的贝塔分布,期望值是:

E \left\{p_{(i)} \right\} = i / (n+1) \; \; \; \; (i=1,\ldots,n)

这个是比较容易计算的。下面是个简单的MATLAB程序来显示GWA分析的QQplot并计算GIF:

function gif=compute_gif(pvals)% number of p-vals
n=length(pvals);% expected order statistics
es=(1:n)' ./ (n+1);% x-axis
x = -log10(es);
y = -log10(sort(pvals(:)));% compute GIF
gif =(x'*y)/(x'*x);% QQ-plot
figure;
hold;
grid;
maxh=ceil(log10(n));
xlim([0 maxh]);
ylim([0 maxh]);
plot(x,y,'bx');
plot(x,x,'r-');
xlabel('-log10(Expected Order Statistics)');                                      
ylabel('-log10(Observed Order Statistics)');
title('QQ Plot');% done
return;
函数 compute_gif() 只有一个参数,这是p值的list,对p值进行排序并使用该排序生成QQplot计算GIF。

这篇关于GIF(genomic inflation factor)值的计算方法的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/424153

相关文章

IBS和IBD的区别和计算方法介绍

大家好,我是邓飞。 今天介绍一下IBS和IBD的区别: IBS(肠易激综合症)和IBD(炎症性肠病)是两种不同的消化系统疾病,主要区别如下: IBS(Irritable Bowel Syndrome):是一种功能性肠道疾病,主要表现为腹痛、腹胀、腹泻或便秘,症状通常与饮食、压力和心理因素相关,没有明显的器质性病变。 IBD(Inflammatory Bowel Disease):是一组

组合c(m,n)的计算方法

问题:求解组合数C(n,m),即从n个相同物品中取出m个的方案数,由于结果可能非常大,对结果模10007即可。       共四种方案。ps:注意使用限制。 方案1: 暴力求解,C(n,m)=n*(n-1)*...*(n-m+1)/m!,n<=15 ; int Combination(int n, int m) { const int M = 10007; int

【虚拟机/服务器】配置ngx_http_empty_gif_module记录

下载Nginx源码 查看Nginx内置模块 1、在可视化界面中 可以看到 ngx_http_empty_gif_module.c 是Nginx的内置模块,不需要再进行安装 2、在bash命令行中 tar nginx 解压后进入nginx目录,./configure --help | grep empty_gif 即可查看我想要的 ngx_http_empty_gif_module

使用Python调用ImageMagick将序列帧生成GIF

目标 使用Python来调用ImageMagick,将文件夹内所有的图片作为序列帧合并为一个GIF。 我事先使用Blender渲染了一组图片(操作很简单, 可见《尝试在blender中渲染一个最简单的动画》) 1. 使用ImageMagick将序列帧生成GIF 最基础的命令是比较简单的: convert 第1帧图片 第2帧图片 ...第n帧图片 结果GIF Animation

YLGIFImage 高效读取GIF图片

https://github.com/liyong03/YLGIFImage Asynchronized GIF image class and Image viewer supporting play/stop GIF images. 异步加载GIF图片的类,支持GIF图片的播放与暂停。 It just use very less memory. Following GIF usually

wsksvg - 支持SVG、JPEG、GIF、PNG、WebP格式图片的优化

前言 上一篇文章介绍了 wsksvg 插件的开发思路和灵感,而本篇则详细阐述了 wsksvg 扩展功能,以及技术的介绍。通过 wsksvg 插件,开发者可以高效地优化 PNG、JPG、JPEG、WEBP 和 GIF 图像,同时对 SVG 文件进行深入处理,包括优化、生成 Vue 和 React 组件以及转换为 Base64 编码格式。这些功能不仅简化了图像管理流程,也提升了应用的性能和用户体验。

CUICatalog: Invalid asset name supplied: (null), or invalid scale factor: 2.000000错误解决方案

[[UIImage imageNamed:@""] 当后面的字符串为空时,会出现题目中的错误 if (imagstr != nil) {         cell.imageView.image =[UIImage imageNamed:imagstr];     }

电负性的计算方法

保罗电负性标度是广泛使用的方法之一,由Linus Pauling于1932年提出。这个标度基于实验数据,特别是化学键的键能数据。虽然电负性本身不是直接计算得到的,但保罗通过实验数据提出了一个经验公式: [\Delta E = \frac{1}{2} (E_{AB} - (E_{AA} + E_{BB}))] 其中: ( \Delta E ) 是化学键的键能差, ( E_{AB} ) 是AB

CST软件如何计算天线系数Antenna Factor-达索官方授权

天线系数(Antenna Factor)也称天线因子,是指天线附近接收的电场强度与天线端口生成的电压比值,简单讲就是天线接收电磁波,然后转化成电信号的能力;或者反过来,激励电信号之后,天线转化成电磁波的能力。由于电场单位是V/m,所以天线系数(简称AF)的单位就是每米“/m”,如果用dB表示的话,就是dBm^-1. 首先一个问题就是,天线系数和增益有什么区别呢?直接上公式吧,对于50欧姆的天线:

计算方法——插值法程序实现(一)

例题 给出的函数关系表,分别利用线性插值及二次插值计算的近似值。 0.10.20.30.40.51.1051711.2214031.3498591.4918251.648721 参考代码一:Python代码实现(自编码) import math""":parameter用于计算插值多项式的系数"""def Parameters(data_x,data_y,size):param