基因组注释文件(GFF,GTF)下载的五种方法

1、NCBI

这里提供两种下载方式，一种为网页界面下载，另一种为FTP下载。

可视化下载

• 进入网址

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/overview/

• 搜索物种

• 下载界面

FTP下载

随便提一下，Chrome 浏览器在18版本后由于安全原因已经不支持 ftp 协议，改用 https 协议，可以看到链接已经与之前的不同。

这里以下载人的参考基因组 GRCh38 为例：

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_mammalian/Homo_sapiens/reference/GCF_000001405.39_GRCh38.p13

人类基因组注释文件：

GTF 格式：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_mammalian/Homo_sapiens/annotation_releases/109/GCF_000001405.38_GRCh38.p12/GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gtf.gz

GFF 格式：

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/vertebrate_mammalian/Homo_sapiens/annotation_releases/109/GCF_000001405.38_GRCh38.p12/GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gff.gz

如果以这种方式下载，其实已经可以路径中大概看出相关物种的下载地址，可以自行查询及下载其他物种。

2、Ensemble

可视化下载

• 网址：http://asia.ensembl.org
• 点击物种名，进入下载界面

• 点击对应名称，下载参考基因组和基因组注释文件

FTP下载

同样以下载人参考基因组 GRCh38 为例：

http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.toplevel.fa.gz

GTF 文件：http://ftp.ensembl.org/pub/current_gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.104.gtf.gz

GTT 文件：http://ftp.ensembl.org/pub/current_gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.104.gff3.gz

3、GENCODE

如果小伙伴研究的物种只涉及人类和小鼠，极力推荐 GENCOE，这里有着相较其他数据库，最新最全的基因组和其注释信息。

• 网址：https://www.gencodegenes.org/
• 点击人类的最新版

• 点击下载基因组注释文件

• 点击下载参考基因组文件

4、UCSC

相对其他下载方式，UCSC 本职的工作是做基因组浏览器的，因此也可以从下图看到，在这里可以根据自己定义来下载相对于的基因组区域，比如 prime，exon，gene，transcript等等。

• 网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
• 下载：设置参数如下，然后点击下载参考基因组及注释文件

5、iGenomes

iGenomes是常见分析生物的参考序列和注释文件的集合。这些文件已从Ensembl，NCBI或UCSC下载。染色体名称已更改为简单且与下载源一致。每个iGenome都可以作为压缩文件使用，其中包含生物体的单个基因组构建的序列和注释文件。

网址：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

由亚马逊资助的生物信息参考基因组下载站点，有各种参考基因组，注释文件，软件索引等常用文件，并且有着极快的下载速度，但是缺点是只有常用的物种。

**站点：**https://ewels.github.io/AWS-iGenomes/