很简单，就下面3行命令 gff=(grep ^"#" $gff; grep -v ^"#" $gff | sort -k1,1 -k4,4n) | bgzip > sorted.gff.gz;tabix -p gff sorted.gff.gz; 第一行的gff是定义输入文件。第二行是对GFF文件进行排序。第三行是利用HTSLIB中的tabix工具建立索引，得到一个sorted.gff.gz

文章目录 gff示例 gtf示例 gff和gtf的区别 gff GFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版（gff3）。 gff文件除gff1以外均由9列数据组成，前8列在gff的3个版本中信息都是相同的，只是名称不同： 第9列attributes的内容存在很大的版本特异性。这9列信息（以gff3为例

文章目录 1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes 这里提供基因组文件及基因组注释文件的多种下载方法，如果想了解不同版本查看： https://zhenglei.blog.csdn.net/article/details/117486244 1、NCBI 这里提供两种下载方式，一种为网页界面下载，另一种为FTP下载。 可视化