CADD-同源模建-1-概况

蛋白质结构预测技术

包括：

1. 同源模建 

基于知识的蛋白质结构预测方法，根据同源结构中的保守部分，搭建未知蛋白质的结构骨架。

2.从头预测法

要求方法本身可以根据氨基酸序列来预测蛋白质二级、更高级结构。但现在还达不到。

可以细分为：二级结构预测，超二级结构预测，蛋白质结构类型预测，蛋白质折叠模式预测，详细的三维结构直接预测。

3.反向折叠识别法（Fold Recognition）

应用于没有同源结构的情况。

主要原理是把结构未知的蛋白质序列与已知的结构进行匹配，找出一种或几种匹配结构好的结构作为结构未知的蛋白质的预测结构（筛选最佳的匹配方式）

该法的局限性在于它假设蛋白质折叠类型是有限的，只有在未知结构蛋白质和已知结构蛋白质结构相似时才可能预测出未知蛋白质的结构。

同源模建

基于已知蛋白的三维结构来预测未知蛋白的三维结构

低等生物的蛋白质也可以作为同源高等生物蛋白的研究模型。

同源模建的可行性：

1. 同源蛋白是由两个或两个以上由同一祖先蛋白趋异进化而产生的蛋白质
2. 同源蛋白在进化过程中保持着结构保守性，即蛋白质的同源性
3. 同源蛋白的结构在进化中更稳定，变化比序列层面的变化要缓慢很多（三级结构保守型远远大于一级结构）

同源模建案例

1.G蛋白偶联受体119活性位点预测及其与吡唑并嘧啶类激动剂对接研究

同源模建-Loop优化、加膜优化、能量最小化-得到Profiles-3D评分134.17的蛋白模型，同时用拉式图进行了评估

2.虚拟筛选竞争抑制剂NDRG3与乳酸结合的小分子研究

同源模建+拉氏图

拉式图：以非键和原子间接触距离和肽键键角为基础绘制，用于直观地表达主链氨基酸残基的对的二面角，表示肽链的可能构象。分为最佳区域、许可区域、勉强许可区域和不允许区域。应该有90%都在拉氏图的允许区域内。