本文主要是介绍“atoms are time integrated more than once”积分重复警告,常见三种原因及解决办法,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
大家好,我是小马老师。
本文介绍lammps in文件编写过程中一个常见的错误:重复积分。
分子动力学模拟的主要运算是原子的积分运算,通过求解积分方程得到原子的受力以及计算原子的速度,从而得出下一时刻原子的位置和状态。
原子的积分体现到代码中就是fix nve/nvt/npt等系综的设置,有些fix命令也自带积分运算,如fix move等命令。
原子不设置系综,就不会参与积分方程的求解,最明显的现象是在模拟过程中,原子是静止的。
但原子也不能设置多个系综,如果设置两个以上的系综,要参与两次积分运算,很明显是错误的。
此时,lammps会给出多重积分设置警告:
常见重复积分设置错误有以下几种:
(1)分层设置系综
有牛顿层、固定层、恒温层等不同层的模拟体系中,分层系综设置不当,容易造成积分设置重复。
如:
fix 1 all nve
fix 2 mobile nvt temp 300 300 0.1
以上代码中,all原子组包含mobile原子组,因此,mobile组被设置了nve和nvt两个系综。
(2)分阶段设置,忘记取消上一个系综。
用不同的系综进行分阶段弛豫,在一个弛豫阶段完成进入下一个阶段时,忘记取消上一个系综,同样会造成积分重复。
如
#1 npt弛豫
fix 1 all npt temp 300 300 0.1 iso 0 0 1
run 10000
#2 nvt弛豫
fix 2 all nvt temp 300 300 0.1
run 10000
在npt弛豫后,没有使用unfix 1命令,直接设置fix nvt,会造成npt和nvt同时起作用。
(3)使用带有积分功能的命令
上面两种错误相对比较明显,稍微细心一些完全可以避免,但是下面这种情况却不容易发现。
如:
fix 1 all nvt temp 300 300 0.1
fix 2 top move linear 0 0 -1
在nvt系综下设置top组沿z轴向下移动,看似正常,但是代码是有问题的。
因为fix move命令自身带有积分功能,top组不能再设置nvt系综,正确的做法是把top组之外的原子设置为mobile组,代码更改为:
fix 1 mobile nvt temp 300 300 0.1
fix 2 top move linear 0 0 -1
只要log文件给出了系综重复设置警告,一定要检查in文件代码,解决掉这个警告,否则计算结果肯定是错误的。
公众号:lammps加油站
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