本文主要是介绍linux质控命令,Linux下microRNA质控-cutadapt安装，希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
如果Linux系统已安装pip或conda，cutadapt的安装相对简便一些，示例如下：
1.pip安装
pip install --user --upgrade cutadapt
添加环境变量
echo 'export PATH=$PATH:/your path/cutadapt-1.10/bin ' >> ~/.bashrc
2.conda安装
conda install -c bioconda cutadapt
3.如果很不幸，以上两个软件都未安装，则可以使用python进行安装。流程如下：
3.1 下载地址：
https://pypi.python.org/pypi/cutadapt/
3.2 解压
tar -zxvf cutadapt-1.10.tar.gz
3.3 进解压后的目录
cd cutadapt-1.10
3.4 安装
python setup.py install --user
3.5 如果安装过程中，出现报错“error: command 'gcc' failed with exit status 1 ", 查看报错详细信息中显示，缺少Python.h文件，那么需要安装运行python-dev。
(1)首先检索dev开发包：
yum search python |grep -i devel
(2)安装
yum install python-devel.x86_64
4.去除接头
cutadapt -a 3'端接头 -g 5'端接头 -o output.fastq input.fastq
cutadapt去接头原理如下：
这篇关于linux质控命令,Linux下microRNA质控-cutadapt安装的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
