特征向量在线提取工具Pse-in-One 2.0

1、Pse-In-One 简单介绍

机器学习分类算法方法主要依赖于根据蛋白质的结构以及功能特性构建的特征集合，通过构造具有辨别性的特征集合来达到令人满意的分类结果，但是使用一个能够反映序列模式信息并能够保持关键序列信息的离散模型或向量是一个困难的任务。通过特征提取工具帮助科研工作者进行特征提取，自动生成需要的特征将会带来很大的便捷。Pse-In-One 便是一种能够按照用户定义的特征生成特征向量的在线工具。
随着大量已知蛋白质的氨基酸序列被逐渐积累，提取合适的序列特征作为机器学习分类算法的输入成为一项难题。在不同场景下，进行特征提取的标准和结果也存在很大差异，Pse-In-One 通过在线的服务平台，能够根据不同的特征产生不同的特征向量，又能支持用户自己定义规则，产生用户需要的特征。Pse-In-One方便灵活且功能强大，既能提取蛋白质序列特征，也能应用于 DNA，RNA 序列，而且包含了最新的特征提取方法，考虑到了所有的理化性质，同时支持用户自己定义提取标准。
Pse-In-One 除了 DNA 以及 RNA 的特征提取方法外，包含了 8 种基于序列或伪序列组成的蛋白质特征提取方法，其中覆盖了 547 种氨基酸理化性质。用户可以轻松的学会使用，除去能够完成特征提取任务外，在线平台同样能够对特征进行可视化操作，并帮助用户判断发挥主要作用的特征集合。

Pse-in-One 2.0在线工具：
http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One2.0/

关于介绍Pse-in-One 2.0的论文：
Pse-in-One 2.0: An Improved Package of Web Servers for Generating Various Modes of Pseudo Components of DNA, RNA, and Protein Sequences
论文地址：
https://www.scirp.org/Journal/PaperInformation.aspx?PaperID=75771

2、Pse-in-One 2.0在线使用
http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One2.0/
进入主界面点击Server
进入以后里面有三个子Web服务器：分别用于计算DNA，RNA和蛋白质序列模式的PseDAC-General，PseRAC-General和PseAAC-General。
如果您单击 “ DNA序列 ” ，那么您将看到PseDAC-General Web服务器，如下：

从“模式”行的下拉菜单中列出的20种模式中选择一种模式后，将显示其相应的参数。Pse-in-One 2.0网络服务器能够生成总共51种不同的伪组件模式，包括20种DNA数据模式，14种RNA数据模式和17种蛋白质数据模式。51种不同的伪组件模式描述：http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One2.0/doc/

例如，这里我们选择了 Kmer 模式。
k-mer指的是将一条read,连续切割,挨个碱基划动得到的一序列长度为K的核苷酸序列.
比如以下这条read：
ATCGTTGCTTAATGACGTCAGTCGAATGCGATGACGTGACTGACTG
如果是13-mer分析的话，可以拆分为：
ATCGTTGCTTAAT
TCGTTGCTTAATG
CGTTGCTTAATGA
GTTGCTTAATGAC

这里的K值选择了3。
可以将查询DNA序列键入或复制并粘贴到输入框中，或者通过单击 “ 选择文件 ” 按钮直接上载输入数据。输入序列应为FASTA格式。也可以单击 “ Example ” 按钮，以默认参数设置输入内置序列示例，如图所示：

然后单击 Submit 按钮，将看到如图所示的首页。可以单击 “ Download ” 按钮将特征向量下载到文本文件中。
可以通过单击 “ Visualization ” 按钮来可视化特征向量中序列组成值的分布。
可视化特征向量中序列组成值的分布，热图如图所示
另外两个子Web服务器：分别用于RNA和蛋白质序列模式的PseRAC-General和PseAAC-General。它们的生成步骤和用于计算DNA序列模式的PseDAC-General的步骤相差无几。这里不再累述。

3、Pse-in-One 2.0 下载使用
进入首页后，单击 “ Download ” 按钮，如下图所示。
这里还提供了一个PDF文档，教大家如何使用Pse-in-One 2.0的独立程序。
了解如何使用Pse-in-One 2.0的独立程序
请参考：
http://bioinformatics.hitsz.edu.cn/Pse-in-One2.0/static/download/Pse-in-One%202.0_manual.pdf