本文主要是介绍【lammps教程】Cu的熔化模拟:保姆级教程,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!
原创:公众号 lammps交流站
【lammps案例】Cu的熔化模拟
大家好,我是YJ学长。
本文将给大家介绍一个Cu熔化过程的LAMMPS模拟,如上图为Cu的熔化过程,原子排列从有序变为无序过程。
具体步骤
01 创建工作文件夹
首先创建一个名为melt(可自定义)路径为:F:\lammps\melt
02 将Cu的势函数复制到当前文件夹
1.打开lammps安装目录下的文件夹,我的路径为:D:\LAMMPS_MPI\LAMMPS64-bit30Jul2021\Potentials
找到Cu的势函数文件复制。我这里选择的Cu_u3.eam势文件。
2.将复制的Cu_u3.eam势文件粘贴至创建的工作目录,如下图所示。
03编写Cu熔化过程in文件
在当前文件目录下新建一个文本文件,命名为in.Cu(可自定义),文件代码如下:
代码已经注释,仅供参考。
#Cu melt
#模型基本参数
units metal #单位
boundary p p p #边界条件
atom_style atomic #原子类型 聚合物用full
timestep 0.001 # 1fs 时间步长:一般为原子振荡周期的十分之一neighbor 2.0 bin #近邻列表 #建模
lattice fcc 3.61 #晶格常数
region box block 0 5 0 5 0 5 #区域
create_box 1 box #生成盒子,1代表包含一种原子create_atoms 1 box #在盒子里填充一种原子 #热力学信息输出
thermo 100 #100步输出一次thermo_style custom step temp pe vol #输出类型 #设置势函数
pair_style eam #势类型pair_coeff * * Cu_u3.eam #选择用该势函数 #温度初始化velocity all create 300 89895 #原子速度调控温度#融化
dump 1 all atom 1000 melt.xyz #1000步输出一次,输出文件名melt.xyz
fix 1 all npt temp 298 2000 0.1 iso 0.0 0.0 1 #对所有原子施加nvt控温,起始温度200K,终止温度2000K(系综设置)
run 10000 #10ps 升温速率1700K/10ps=170K/ps
compute 3 all pe/atom #计算每个原子的势能
04 运行in文件
打开命令提示符窗口(搜索框搜索cmd)
首先输入以下代码,然后回车
F: #回车选择F盘
cd lammps #到达F:\lammps目录
cd melt #到达F:\lammps\melt目录
输入以下命令(并行运算)
mpiexec -np 8 lmp -in in.Cu.txt #回车
注意:新版的lammps运行命令为lmp
in文件后需要加上.文件类型
05 运行结果
将生成的轨迹文件melt.xyz拖入到OVITO软件中,显示效果如下:
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