lammps专题
22. Lammps命令学习-7之read_restart
来源： “码农不会写诗”公众号 链接：Lammps命令学习-6之read_data read_restart file 从restart文件中读取先前保存的系统配置从而可以继续先前的模拟。 https://docs.lammps.org/read_restart.html Syntax read_restart file Description 从restart
lammps中默认的速度单位
LAMMPS中的速度单位取决于你在脚本中选择的单位系统。不同的单位系统有不同的速度单位。LAMMPS中常用的单位系统包括： metalrealsicgselectronnanolj（Lennard-Jones） 每种单位系统都有一套固定的单位，用于表示长度、能量、时间等物理量。以下是常用单位系统中速度的单位： 1. units metal 速度单位：Å/ps这是金属模拟的默认单位系统，速度
lammps中有关能量的默认单位
在LAMMPS中，fix wall/lj93命令中的ϵ\epsilonϵ（势能深度）的默认单位取决于你在LAMMPS输入脚本中使用的单位系统。 具体来说，常见的LAMMPS单位系统及ϵ\epsilonϵ的默认单位如下： units real: ϵ\epsilonϵ 的单位是 kcal/mol。 units metal: ϵ\epsilonϵ 的单位是 eV。 units lj (Lennar
21. Lammps命令学习-6之read_data
来源： “码农不会写诗”公众号 链接：Lammps命令学习-6之read_data read_data file keyword args … 读取包含LAMMPS运行模拟所需信息的data文件 https://docs.lammps.org/read_data.html Syntax read_data file keyword args ... Descri
lammps蒙特卡洛MC模拟案例
大家好，我是小马老师。 本文介绍lammps和蒙特卡洛(MC)相结合的模拟方法。 MC是一种随机模拟方法，可以模拟一定区域内的随机原子交换过程。在lammps中，和MC相关的模拟命令有三个：fix gcmc、fix atom/swap、fix sgcmc。 本文主要介绍fix sgcmc命令。sgcmc命令可应用到合金的模拟中，如短程有序模拟。 fix sgcmc语法格式： fix ID gro
lammps聚合物断键拉伸模拟
本文介绍聚合物的断键拉伸。 在lammps模拟中，所有的键默认是永久存在的，非正常情况下，不能断开，否则会产生"bond atoms missing”错误。 聚合物的拉伸模拟过程中，聚合物链并没有被拉断，而只是把不同的聚合物链分离。 如果要模拟拉伸过程中键的断裂，就需要加一个额外的命令：fix bond/break。 fix 5 all bond/break 10 2 1.2fix 5 pol
11. 利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2
来源： “码农不会写诗”公众号 链接：利用MS为Lammps ReaxFF建模(PE/聚乙烯)基础-2 文章目录 01 msi2lmp工具简介1. 编译生成msi2lmp可执行文件2. 使用方式 02 赋予模型CVFF力场03 导出car/mdf文件04 生成data文件05 data文件进一步处理 文接上篇 上篇利用Material Studio(MS)完成了
lammps金刚石三棱锥刀具建模
大家好，我是小马老师。 本文介绍lammps三棱锥刀具建模方法。 lammps切削模拟的刀具形状有很多，如球形、锐角、钝角、三棱锥等刀具。 球形、锐角、钝角等刀具建模已经在公众号发过，本文介绍三棱锥的建模。 形状如下图所示： 主要原理是通过三个斜面或者三个斜面加一个平面，合并为一个封闭区域，在区域内生成原子。 斜面和平面都是用region plane命令。 建模代码如下： dimension
LAMMPS - 分子动力学模拟器
本文翻译自：https://www.lammps.org/ 文章目录 一、关于 LAMMPS下载作者R&D 100 二、LAMMPS 亮点毛细血管中的血流 一、关于 LAMMPS 官网： https://www.lammps.org/ github ：https://github.com/lammps/lammps LAMMPS 分子动力学模拟器 lam
lammps案例：reaxff势模拟Fe(OH)3高温反应过程
大家好，我是小马老师。 本文分享一个reaxff反应势的案例。 该案例主要模拟Fe(OH)3在高温下的反应过程，主要代码来自lammps自带的案例。 lammps自带案例没有产物输出，故在此基础上稍加修改，增加了产物输出命令。 反应过程如下图所示： in文件代码已经注释，以供参考。 #模型基本设置units realatom_style fullr
【LAMMPS学习】十、LAMMPS辅助工具(1)
10. 辅助工具 LAMMPS 被设计为用于执行分子动力学计算的计算内核。设置和分析模拟通常需要额外的预处理和后处理步骤。此类工具的列表可以在 LAMMPS 网页上的以下链接中找到： 前/后处理 外部 LAMMPS 软件包和工具 Pizza.py 工具包 Pizza.py 的最后一个链接是桑迪亚开发的基于 Python 的工具，它提供了用于 LAMMPS 模拟的设置、分析、绘图和可
【LAMMPS学习】八、基础知识(6.6)在 Windows 10 上使用 LAMMPS 和 WSL
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.5.
【LAMMPS学习】八、基础知识(6.5)PyLammps 教程
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.5.
【LAMMPS学习】八、基础知识(6.3)使用 LAMMPS GUI
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.5.
【Lammps】lammps常用入门建模命令（一）
【Lammps】lammps常用入门建模命令 前言脚本总览1、units2、dimension3、boundary4、atom_style原子模型构建5、lattice6、region7、create_box8、creat_atoms1. 在盒子box内填充原子2.在指定区域（region）内填充原子3.生成单个原子4.随机生成原子 9、mass10、velocity模拟参数的设置设置作用
【LAMMPS学习】八、基础知识(5.7)Drude感应偶极子
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.5.
【LAMMPS学习】八、基础知识(5.4)黏结粒子(BMP)模型
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.5.
Ubuntu12.04 安装 LAMMPS GPU 并行版
安装前请先参考https://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42219099安装环境包。 系统：Ubuntu 12.04 GPU：Nvidia Geforce Titan X 其他：Openmpi-1.802 + fftw-3.3.4 + lammps-15May15 + CUDA-7.0 一.安装cuda 1.下载cuda-repo
【LAMMPS学习】八、基础知识(5.1)有限尺寸球形和非球形粒子
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.5.
【LAMMPS学习】八、基础知识(4.5)TIP5P水模型
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.4.
【LAMMPS学习】八、基础知识(4.2)AMOEBA 和 HIPPO 力场
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.4. 力场入门 8.4.
【LAMMPS学习】八、基础知识(3.6)计算热导率
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.3.1. LAMMPS 的
【LAMMPS学习】八、基础知识(3.1)LAMMPS 的输出
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.3. 分析入门 8.3.1. LAMMPS 的
【LAMMPS学习】八、基础知识(2.6)Lammps中的Walls墙
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.2.1.二维模拟 8.2.2.类型标签 8.
【LAMMPS学习】八、基础知识(2.2)类型标签
8. 基础知识 此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。 8.1.通用基础知识 8.2. 设置入门 8.2.1.二维模拟 8.2.2.类型标签 20
【文献分享】机器学习 + 分子动力学（LAMMPS 输入文件）+ 第一性原理 + 热学性质 + 动力学性质
================================ 分享一篇关于机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 热学性质 + 动力学性质的文章。 感谢论文的原作者！ 关键词： 1. Machine learning, 2. Deep potential, 3. Molecular dynamics 4. Molten salts 5. Thermop