可视化生信分析利器-Galaxy（第一讲）

本文主要是介绍可视化生信分析利器-Galaxy（第一讲），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！

什么是Galaxy

很多公司开始推广他们的可视化生信分析工具，有人说未来的趋势是无代码，分析只要拖拖点点就行了。无代码只能说是一个噱头，毕竟人人都会“用"excel，也不是人人都是数据分析师。

但是一个数据分析师肯定知道如何正确的使用excel，所以一个真正的生信媛/猿也不会嫌弃那些可视化的工具。毕竟写代码累了，没事拖拖点点也是别样的乐趣。

Galaxy就是很多年前在云计算背景下诞生的开源项目, 目前在GitHub上有362个star，165个贡献者。

官方站点： https://usegalaxy.org/，如果感兴趣的话可以在云端玩耍下。

Galaxy

然后，将有一波galaxy学习笔记更新而来。

安装

在正式安装之前，确保自己使用的是Unix/Linux系统，并且安装了Python，且版本是2.7.（最好还有Git）。

galaxy的安装非常简单，就是从github上克隆一份到本地，然后运行部署脚本，然后等着。

# 我习惯把软件安装在biosoft下
cd ~/biosoft
# 克隆到本地
git clone -b release_17.09 https://github.com/galaxyproject/galaxy.git
cd galaxy
# 修改配置文件
cp config/galaxy.ini.sample config/galaxy.ini
# The port on which to listen.
port = 1024
# The address on which to listen.  By default, only listen to localhost (Galaxy
# will not be accessible over the network).  Use '0.0.0.0' to listen on all
# available network interfaces.
host = 0.0.0.0
# 运行
sh run.sh

我这里简单的修改了配置文件, 使其可以被内网的其他用户通过“IP:1024"的方式访问。

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配置

管理员账号

Galaxy后续如果要进行软件安装，管理用户等操作，就必须要先要成为管理员。

第一步：在galaxy进行注册

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第二步: 修改配置文件config/galaxy.ini，更改其中的admin_users.

# this should be a comma-separated list of valid Galaxy users
admin_users = user1@example.com,user2@example.com

第三步：重启run.sh或者重新登陆账号，就会发现在工作栏上多了Admin这一部分。

安装软件

安装工具OR下载数据有三种方法：

从Tool Shed安装
手动添加到Galaxy中
脚本自动化完成

其中从Tool shed安装最方便，官方教程介绍的非常详细，跟从APP Store下载软件没有啥太大区别。

如下演示BWA软件如何安装。

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小技巧: galaxy同样利用bioconda进行生信软件管理，因此修改galaxy/config/galaxy.ini中如下行

# conda_ensure_channels = iuc,bioconda,conda-forge,defaults,r
conda_ensure_channels = iuc,https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/,https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/,defaults,r

这行代码仅针对国内用户，感谢清华镜像源。