「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始

2024-06-23 20:32

本文主要是介绍「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始,希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值,需要的开发者们随着小编来一起学习吧!

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我们第一周目标有三个:

  • 熟悉Linux环境
    • 登录服务器
    • Linux基本命令
    • PATH的意义
  • 学习conda管理环境
    • 如何在conda中添加channel
    • 如何用conda安装和卸载软件
    • 如何创建新的环境和切换环境
  • 数据准备

首先,你需要有一个Linux环境,Windows10用户可以安装WSL,MacOS请在应用程序中搜索终端

  • Windows10配置WSL: https://linux.cn/article-9545-1.html
  • MacOS的环境配置: https://blog.csdn.net/orangleliu/article/details/47357339

然后,你需要学一些基础的Linux的命令操作,如下是鸟哥的Linux私房菜的对应链接

  • 目录管理:http://linux.vbird.org/linux_basic/0210filepermission.php
  • vim使用说明: http://linux.vbird.org/linux_basic/0310vi.php
  • shell基础: http://linux.vbird.org/linux_basic/0320bash.php 中的10.1,10.2,10.3和10.4

再接着你需要用conda安装如下软件

  • sra-tools: 数据下载
  • fastqc: 查看数据质量
  • cutadapt, trimmomatic: 数据质控
  • star, hisat2: 数据比对
  • samtools: SAM/BAM文件处理
  • subread, htseq: 基因计数

conda的教程推荐看https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

学有余力: 整理网络上关于这些软件的资源

接着你得下载如下数据:

  • 参考基因组序列: 在 http://www.ensembl.org/ 上下载 GRCh38的参考基因组序列
  • 注释文件:在 http://www.ensembl.org/ 上下载 GRCh38 对应的注释GFF文件
  • SRR数据:编号为 SRR4820707,SRR4820708, SRR4820709,SRR4820710, SRR4820727, SRR4820728, SRR4820729, SRR4820730 (我上传了微云,链接:https://share.weiyun.com/5lFLZzL)

以上就是第一周的内容了。

这篇关于「学转录组入门生信」第一周从环境配置开始的文章就介绍到这儿,希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助!



http://www.chinasem.cn/article/1088195

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