本文主要是介绍基于pytorch实现的DenseUnet医学图像分割（腹部多脏器），希望对大家解决编程问题提供一定的参考价值，需要的开发者们随着小编来一起学习吧！
1、前言
本章将介绍将densenet的主干网络引入unet中
官方实现的代码：kits19-challenge/network at master · nitsaick/kits19-challenge (github.com)
本章实现的项目目录如下：
主要代码有train、evaluate、predict脚本
2、代码介绍
数据预处理脚本
数据的预处理放在dataset脚本中，这里参考sam模型的预处理。利用numpy和cv进行归一化、翻转、图像增强等等，而非torch中的transform
主要如下：
红色框的部分为windowing窗口化拉伸对比度，因为大多数医学数据都是CT格式，对比度很差，如果原数据对比度还行的话，可以注释掉
数据增强采用了水平和垂直翻转：
train 训练脚本
参数如下，如果image和mask的后缀格式不同，需要更改这里
使用的优化器是Adam、损失是多类别的交叉熵、学习率衰减是cos余弦退火算法
evaluate 评估模型
默认采用训练过程中生成的最好的权重
代码会在测试集上进行评估，计算mean iou、recall、precision、全局pixel准确度等等
3、项目使用
测试用的数据集为腹部多脏器的五分割：
项目下载：基于DenseUnet对腹部多脏器5类的分割实战【包含代码+数据集+训练结果】资源-CSDN文库
3.1 数据集摆放
数据集摆放如下：
--data--train---images 训练集的图像 --data--train---masks 训练集的图像标签 --data--val---images 验证集的图像 --data--val---masks 验证集的图像标签 --data--test---images 测试集的图像(如果有的话) --data--test---masks 测试集的图像标签(如果有的话)
训练集用于训练网络、验证集用于验证模型调整超参数、测试集用于评估模型精度
3.2 训练
摆放好数据，直接运行train脚本即可，代码会计算mask的像素值，然后自动设定denseunet的输出类别个数
训练完成，会将所有结果保存在runs目录下：
预处理可视化：
因为原图是MRI格式的，所有windowing方法增强效果不明显
训练日志：
依次为epoch、train loss、train iou、val loss、val iou
学习率衰减：
3.3 评估模型
脚本是evaluate代码，这里填写测试集路径即可
代码会计算测试集的精度，保存在txt文本中（runs目录）
列表的值，是不同类别的recall、iou等
3.4 推理代码
predict 脚本
效果如下，会生成gt图以及image+gt的掩膜图
输入图像：
gt图：
掩膜图：
这篇关于基于pytorch实现的DenseUnet医学图像分割（腹部多脏器）的文章就介绍到这儿，希望我们推荐的文章对编程师们有所帮助！
