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Discovery studio构建药效团(Pharmacophore)的方式
药效团(Pharmacophore)是特征化的三维结构要素的组合,可以分为两种类型。一类是具有相同药理作用的类似物,它们具有某种基本结构,即相同的化学结构部分如磺胺类药物、局麻药、受体阻断剂、拟肾上腺素药物等;另一类是一组化学结构完全不同的分子,但它们以相同的机理与同一受体结合,产生同样的药理作用,如己烯雌酚的化学结构比较简单,但因其立体构象与雌二醇相似,也具有雌激素样作用。药效团是基于药效
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在pharmit里匹配药效团
我把400个无活性的小分子(decoys)提交到pharmit里。 命名为decoyset00~decoyset08,查找时,按这个找。 1、导入药效团配体: 进入药效团筛选界面: 导入代表药效团模型的活性肽构象: 2、选择预先设置好的药效团特征空间排列: 打开mescollection.xlsx文件,根据每个frame里记录的药效团特征信息,恢复pharmit网站里的药效团
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倪海厦:教你正确煮中药,发挥最大药效
同样的一个汤剂,我开给你,你如果煮的方法不对,吃下去效果就没那么好。 所以,汤,取它的迅捷,速度很快,煮汤的时候还有技巧,你喝汤料的时候,你到底是喝它的气,还是喝它的质。 当你要发表的时候,不要发散,要取消了,发散了,全身毛孔都打开最好。 所以,你煮汤的时候大火去煮,从头到尾就是大火,你比如六碗水煮两碗,瞬间就十五分钟,二十分钟就煮完了。 结果呢,老师,我就是,你这样子煮大火的
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倪海厦:教你正确煮中药,发挥最大药效
同样的一个汤剂,我开给你,你如果煮的方法不对,吃下去效果就没那么好。 所以,汤,取它的迅捷,速度很快,煮汤的时候还有技巧,你喝汤料的时候,你到底是喝它的气,还是喝它的质。 当你要发表的时候,不要发散,要取消了,发散了,全身毛孔都打开最好。 所以,你煮汤的时候大火去煮,从头到尾就是大火,你比如六碗水煮两碗,瞬间就十五分钟,二十分钟就煮完了。 结果呢,老师,我就是,你这样子煮大火的
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Nat. Commun. | DeepPROTACs: 基于深度学习的PROTACs降解药效预测模型
由于PROTACs的构效关系比较模糊,当前暂时没有PROTAC理想的理性设计与药效评价计算方法。上海科技大学一研究团队引入了DeepPROTACs,以帮助设计有效的PROTACs分子。它可以根据给定的靶蛋白和E3连接酶的结构来预测PROTAC分子的降解能力。 背景介绍 传统疗法依靠小分子抑制剂作为作用模式(MOA)实现占位驱动药理学。该方法存在无法处理不可成药的靶点、脱靶毒性、不良副作用、耐药
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全功能药效团图谱(Full-feature pharmacophore map)是什么?怎么绘制?
药效团和全功能药效团图谱是什么? 药效团是指与靶点相互作用并导致生物活性的化学基团或者分子结构片段。【药效团通常包括氢键受体/供体、疏水部位、离子化部位等关键成分】 "全功能药效团图谱" (Full-feature pharmacophore map)是一种用于药物分子的设计和优化的分子建模工具,通常用于描述药物作用机制及相互作用关系。简而言之,它是一种用于反映药物分子结构特征(氢键供体、氢键
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