“split_libraries.py” 和“split_libraries_fastq.py”实现数据拆分和数据过滤的双重目的。Mothur利用“Trim.seqs”。不过QIIME和Mothur都不能直接处理sff文件(454下机产生的数据格式)，不过可各自利用“process_sff.py”和Sffinfo将sff格式转换为FASTA和QUAL文件。 数据过滤考虑的参数有：minimum