redundans的目标是辅助杂合基因组的组装，输入文件可以是组装的contig，测序文库以及额外的参考基因组，最后用于搭建出scaffold级别的纯合基因组组装结果。包括如下几个步骤： 从头组装: 它会调用Platanus、SSPACE3进行组装去冗余: 从最初组装中去除冗余的序列scaffolding: 利用双端测序将contig进行搭接gap closing: 即填补scaffold中的N

「文献」杂合基因组的策略思路 文献出处: Sequencing a Juglans regia × J. microcarpa hybrid yields high-quality genome assemblies of parental specie 文章的亮点在于通过对一个F1子代进行三代测序，之后利用BioNano组装出两个亲本的光学图谱，最后根据光学图谱从F1中拆分出两套单倍型。

FALCON和Canu的组装后会得到一个单倍型融合的基因组，用来表示二倍体基因组。之后，FALCON Unzip和Supernova这类软件进一步处理其中等位基因区域，将这部分区间进行拆分。 当基因组某些区域可能有着比较高的杂合度，这会导致基因组该区域的两个单倍型被分别组装成primary contig， 而不是一个为primary contig， 另一个是associated haplotig