plink官网：Data management - PLINK 1.9 命令：将基因型数据转化为012的raw格式 plink --file DD --recodeA --out DD_test_A#结果文件 DD_test_A.raw 查看具体说明： --recodeA  : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1. 具体查看： pli

需要提取vcf文件的样本基因型，原始文件： 代码： import vcfvcf_reader = vcf.Reader(filename=r"I:/1000GenomeProject/vcftools_filter/chr22_filter.recode.vcf")genomeType=[]for record in vcf_reader:# 样本个数# print(record._sam

欢迎关注”生信修炼手册”! 影响基因型填充准确率的因素有很多，比如分型结果的质量，填充软件的选择，reference panel的选择，样本量的大小， SNP的密度等等。 为了提高填充的准确率，我们需要在填充前进行质量过滤。对于原始的分型结果，可以根据一些条件进行筛选和过滤，得到高质量的分型结果，用于后续的填充。 分型结果本质上是一张由样本和SNP位点构成的表格，对应的过滤手段也分成了两个大的方

欢迎关注”生信修炼手册”! Minimac是一款经典的基因型填充软件，该软件也是以内存消耗小，运行速度快而著称，历经了MaCH, minimac, minimac2, minmac3多个版本的更新换代，目前最新版本为v4, 网址如下 https://genome.sph.umich.edu/wiki/Minimac4 源代码保存在github上，网址如下 https://github.co