做宏专题

基于R和gephi做宏基因组与代谢组等多组学联合network相关性网络图

写在前面 拿到多组学的数据后一直在找合适的方法将二者进行关联,比如我这里是三种体液的代谢组与一种体液的宏基因组。需求是对多组学进行关联分析,直到最近看到不少文章里利用Gephi将相关性表格进行可视化的图,效果还不错,于是写个过程记录自用。这里演示的是属水平的差异菌群相对丰度(宏基因组结果)与代谢组鉴定到的差异代谢物进行关联。 主要分为两个部分: 先是计算相关性生成graphml格式文件使用G