Package paleobioDB version 0.7.0 paleobioDB 包在2020年已经停止更新，该包依赖PBDB v1 API。 可以选择在Index of /src/contrib/Archive/paleobioDB (r-project.org)下载安装包后，执行本地安装。 Usage pbdb_richness (data, rank, res, te

计算contigs和genes相对丰度可以提供有关微生物群落结构和功能的信息。以下是计算这两个指标的意义： 1. Contigs的相对丰度：contigs是利用基因组测序技术获得的碎片序列，通过计算contigs的相对丰度可以了解微生物群落中不同菌种的相对丰度。这可以帮助研究者理解微生物群落的物种组成和群落结构。 2. Genes的相对丰度：基因是生物体内功能的基本单位，通过计算基因的相对丰度

目录 前记 一、计算FPKM 二、计算reads数 后记 前记 RNA-seq技术是研究基因表达的常用方法之一，其表达丰度计算是RNA-seq数据分析的重要步骤之一。 RNA-seq表达丰度计算的基本流程如下： 序列比对：将测序数据比对到参考基因组，得到每个基因的计数。 转录本重构：使用转录本拼接软件，如Cufflinks或StringTie，将比对后的 Bam/Sam 文