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一文极速读懂UniProt数据库

注意!UniProt 数据库进行了较大幅度的版本更新,最新版教程查看:一文极速读懂UniProt数据库(2023最新版) Uniprot (Universal Protein )是包含蛋白质序列,功能信息,研究论文索引的蛋白质数据库,整合了包括EBI( European Bioinformatics Institute),SIB(the Swiss Institute of Bioinform

根据基因名批量查找它的Uniprot编号

背景: 前几天老师交给我一个任务,给我一个基因列表,让我查找它们所编码的蛋白质的蛋白质序列。我上了一下uniprot数据库,发现这个任务可以分成两步: 找到这个基因在Uniprot数据库中所对应的蛋白质编码根据蛋白质编码批量下载蛋白质序列(以前的文章) 下面我们以基因“BOP1”为例: 然后可以看到: 这里我们可以看到,有一个个框,代表不同的蛋白。我们要找的是人,所以应该是Hom

Protein - ECD (ExtraCellular Domain) 膜蛋白胞外区的 UniProt 与 PDB 数据分析

欢迎关注我的CSDN:https://spike.blog.csdn.net/ 本文地址:https://spike.blog.csdn.net/article/details/132597158 ECD 是 Extracellular Domain 的缩写,指的是跨膜蛋白质的细胞外部分 (膜蛋白的胞外区),通常包含一些功能性的结构域,如配体结合域、受体激活域、二聚化臂等。ECD 的结构和

从uniprot网站上爬取蛋白质家族信息

原始数据: 逼话少说,上代码 import requestsimport pandas as pdfrom bs4 import BeautifulSoupimport timefrom multiprocessing import Pool"""类说明:从uniprot网站下获取蛋白的家族信息Parameters:无Returns:无Modify:2020-01-09"""