Introduction TaxonKit是一个用于处理生物分类学数据的命令行工具。 它的主要功能是处理NCBI的生物分类学数据，包括对分类单元（如物种、属、科等）的查找、分类单元的上下位关系查询、分类单元名称的标准化等。 为了方便R社区用户（自己）使用和流程整合，我把Taxonkit工具整合进了R包pctax，也开发了一些配套的系统发育分析和可视化方法。 R调用Taxonkit 准备工作