在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie分别进行预测，然后用StringTie的merge模式进行合并？ 这个问题的提出，是我采取第二种方式时，发现合并后的基因数减少，觉得哪里不太对劲，于是用IGV检查了不同分析策略的结果， 结论如

替换镜像源，提高下载速度 为了提高下载速度，我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站 备份 cd /etc/apt/ sudo cp source.list source.list.bk 替换 sudo sed -i ‘s/http/https/g’ sources.list sudo sed -i ‘s/archive.

1、snakemake运行infer_experiment.py rule check_ss:input:bed = config["REF"]["genome_bed12"],bam = rules.bam_index.output.bam,output:txt = "result/QC/check_ss/{sample}.txt",params:name = "{sample}"shell