参考文章： 用RSeQC对比对后的转录组数据进行质控 高通量测序质控及可视化工具包RSeQC RSeQC使用笔记 1. 质控的原因及相关软件 在A survey of best practices for RNA-seq data analysis里面，提到了人类基因组应该有70%~90%的比对率，并且多比对read（multi-mapping reads）数量要少。另外比对在外显子和所比对链

1、snakemake运行infer_experiment.py rule check_ss:input:bed = config["REF"]["genome_bed12"],bam = rules.bam_index.output.bam,output:txt = "result/QC/check_ss/{sample}.txt",params:name = "{sample}"shell