人类基因组大约有3,000,000,000个碱基对其中50%-69%是重复序列，包括转座子（SINES、LINES、Long Terminal Repeats ）以及低复杂区域（比如 homopolymers 和 CAG重复）和假基因（大片段重复引起）。Self Chain 就是UCSC中查看大片段重复的工具。   描述 self chain 是染色体之间相似性的比较，相比如segdup，它