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【生信】QTL定位与全基因组关联分析(GWAS)
目录 遗传学知识 数量性状 分子标记(Molecular Marker) DNA分子标记的特点 QTL定位 QTL(quantitative trait locus) QTL定位的主要流程: 全基因组关联分析 GWAS(Genome-Wide Association Study,全基因组关联分析) GWAS的研究流程: 曼哈顿图和QQ-plot 知识补充 1.LOD值:
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在Windows下完成QTL-seqMutMap
纯粹就是记录下如何在Window下少写代码完成QTL-seq&MutMap,并没有详细讲解QTL-seq&MutMap的原理和每一步背后的含义。详细原理以及实验设计可以看文章 QTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked po
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现代C++、STL、QTL的使用
0、现代C++中最重要的是: 右值引用&&、移动语义std::move、完美转发std::forward、万能引用T&& void Func(int& x) { cout << "左值引用" << endl; }void Func(const int& x) { cout << "const左值引用" << endl; }void Func(int&& x) { cout << "右值
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【经验分享】一文带你看懂QTL及QTL作图
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QTL定位原理学习
一直在学习QTL,数量遗传学,看了很多书,文献,但自己一直是模模糊糊,总觉得只知道其一,不知道其二,今天看王健康老师写的基因定位与育种设计,让我又有了一种从头学习一边的冲动,我大体看了我认为比较重要的两章,写了一个自学的提纲,希望能够填充满这个内容。提纲如下:欢迎有共同爱好者填写其中的内容。 标记和图谱构建 如何构建图谱构建图谱用什么方法如何用R实现 F2群体单标记的t 检验 什么是t检验
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现代C++、STL、QTL的使用
0、现代C++中最重要的是: 右值引用、移动语义、完美转发、万能引用 1、std::vector、QVector 2、std::list、QList 3、std::map、QMap 4、std::multimap、QMultiMap 5、std::tuple (1)创建: std::tuple<T1, T2, TN> t1; //创建一个空的tuple对象(使用默认构
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使用coloc 进行 QTL 共定位Colocalization
GWAS找到显著信号位点后,需要解释显著信号位点如何影响表型。 常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括: 1)GWAS和eQTL共定位; 2)GWAS和sQTL共定位; 3)GWAS和meQTL共定位; 4)GWAS和pQTL共定位; 其中,GWAS和eQTL共定位应用最为广泛。 共定位分析旨在确定两个性状在给定基因组区域中可能共享的因果变异,本文中所说的共定位是
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