pymol.desktop [Desktop Entry]Name = PyMOLExec = /home/tqc/software/pymol/pymolIcon=/home/tqc/software/pymol/share/pymol/data/pymol/icons/icon2_128x128.pngTerminal=falseStartupNotify=trueType=Ap

在 PyMOL 中，如果你想要选择特定链（例如链 C）上的特定残基范围进行可视化，你需要结合链标识符和残基索引来构建你的选择命令。以下是如何做到这一点的步骤： 选择链 C 上的残基 89 到 95： 使用 select 命令，结合链标识符（chain）和残基索引范围（resi）来选择氨基酸。记住，PyMOL 的索引是从 0 开始的，所以你需要选择从 88 到 94 的索引。 select r

一、准备工作 在淘宝花6元购买pymol并安装（可以在windows上使用！）；在在线对接软件上提交两种蛋白pdb文件得到对接结果的pdb文件，下载后打开pymol，导入对接结果的pdb文件： file open 选择文件路径 一般线上对接软件导出的对接结果pdb文件会有两个对象object：一个配体ligand和受体receptor，为了后面方便命令输入，可以修改名称简化表示 set

在跟随其他大佬的帖子下载开源版pymol的时候，发现了anaconda版本和pymol版本不兼容的情况，最新的anaconda版本conda下载pymol-2.4.0-cp38-cp38-win_amd64.whl之后，显示出的pymol窗口是这样怪异的版本，命令窗口和图形窗口可以分开，看分子都是正常的，但是导出动画视频的编码器出现了问题（如下图3.、4） 找了很多帖子，补下载什么的都没用，最后

PyMOL是一个开源的分子可视化软件，由Warren Lyford DeLano编写，并由DeLano Scientific LLC将其商业化。这个软件主要用于显示和操作分子的三维结构。 PyMOL的主要特点包括： 强大的三维可视化功能：PyMOL可以显示分子的三维结构，包括蛋白质、核酸、小分子等，并且提供了丰富的可视化工具，如颜色、标签、阴影等。 灵活的操作方式：PyMOL提供了多种操作方式

1.pymol使用小技巧8-选取配体周围氨基酸 select ligand，resn x[/code] PS： x为配体名字 color red， ligand[/code] select 5A， byres ligand around 5[/code] PS： 配体5埃范围内的残基 show sticks, 5A color yellow, 5A[/code] 补充：对于选择几埃范围内的原子

CADD课程学习（3）-- 靶点药物相互作用 PyMol软件教程 基本操作 任意旋转图像：对准图像的任意处点住鼠标左键然后移动鼠标 放大/缩小图像：对准图像的任意处点住鼠标右键然后移动鼠标（向上是缩小，向下则是放大） 移动图像：对准图像的任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标命令行输入：fetch 1lEP 从PDB数据库网站下载晶体结构1lEP，在pymol打开 Step1：

基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单） pwd          # show current directory dir          # list file in the current directory cd directory #change directory  load xxx                #注意要打上扩展名，例如1LMK.pdb，否则会err

pdb文件字段说明学习： 1、pymol安装使用 参考：https://blog.csdn.net/eternalapple/article/details/110263296 官网：https://pymol.org/ 安装：1、可以直接conda安装，一条命令conda install -c schrodinger pymol-bundle安装成功后输入pymol即可调出窗口