infercnv专题

inferCNV:scRNA-seq数据推断染色体拷贝数变化

inferCNV分析简介 inferCNV用于探索肿瘤单细胞RNA-Seq 数据,以确定体细胞大规模染色体拷贝数改变的证据,例如整个染色体或大片段染色体的增益或缺失。这是通过与一组参考“正常”细胞(这里的正常细胞可自行定义)进行比较,探索肿瘤基因组各部位基因的表达强度来完成的。热图展示每个染色体的相对表达强度,并且与“正常”细胞相比,肿瘤基因组的哪些区域过表达或降低(异常)。 同时我们需要了解

infercnv hpc东南服务器 .libpath 最终使用monocle2环境安装

安装不成功就用conda安装   conda install -c bioconda bioconductor-infercnv Installing infercnv There are several options for installing inferCNV. Choose whichever you prefer: Option A: Install infercnv