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Semibin2 GTDB 路径手动配置
如何下载解压请参考:Semibin2 GTDB 下载解压 找到以下文件 /your_path/anaconda3/envs/semibin/lib/python3.12/site-packages/SemiBin/main.py 在 main.py 里的这部分代码的default 替换成你自己的 gtdb 的路径即可,当然,你也可以用参数输入对应的路径 for p in [single_
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GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database, 物种注释和进化树构建工具使用及介绍
资源介绍:GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the genome taxonomy database | Bioinformatics | Oxford Academic (oup.com) GTDB - Genome Taxonomy Database (ecogenomic.org) 大家自己看吧,不在解释了,直接上安装和配置,
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GTDB-Tk基因组物种注释
文章目录 安装GTDB-Tk v2.3.3 and gtdbtk_r214_data.tar.gzGTDB-Tk v2.1.1 and gtdbtk_r207_v2_data.tar.gzGTDB-Tk 1.3.0 数据库classify_wf 物种注释一步使用分步使用批量dRep以及GTDB注释注意报错由于基因组存在重复id导致Pfam报错 查看已经安装的数据库iTOL可视化问题pplac
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