freesurfer专题

FreeSurFer的recon-all处理流——学习记录

官方网址:ReconAllTableStableV6.0 - Free Surfer Wiki (1)颅骨剥离skullstrip 颅骨剥离后生成文件:/mri/brainmask.mgz (2)图像配准canorm Freesurfer图像配准:将 mri/nu.mgz 体积与 FREESURFER_HOME/average 中的默认 GCA 图集对齐; 图像配准后生成文件:/mr

freesurfer-reconall后批量提取TIV(颅内总体积)

#提取TIV #singleline=$(grep Estimated Total Intracranial Volume /usr/local/freesurfer/subjects/bect-3d+bold-wangjingchen-4.9y-2/stats/aseg.sta

Freesurfer_T1_组分析-02(可视化)

这一篇我们对上一篇Freesurfer_T1_组分析-01(完美版)中的一些操作和结果进行分析和可视化,制作一些高大上的图片吓唬队友。例如下面这张:   上一篇文章我们得到了这些结果:  选择你需要进行对比那个文件夹,这里我们进入文件夹lh.volume.CannabisStudy.10.glmdir中可以看到:  我们再进入NC- MCI文件夹: 这里面sig.mgh是一个

Freesurfer学习笔记——Surface Based Group Analysis 4/13

重新设置工作目录: export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfersource $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.shexport TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_dataexport SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckne

Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(2.2 Surface-based Group fMRI Analysis ) 8/13

本节目的:使用小组分析中多个对象的数据来执行fMRI集成 数据:功能生物医学信息学研究网络Functional Biomedical Informatics Research Network(fBIRN)。 1. fMRI Basics 受试者受到刺激后,在功能磁共振成像fMRI中,大脑的某些区域诱发BOLD血液动力学反应功能(HRF)。 首先通过使用运动校正执行分析,然后将每个体素的时程与