biomart专题

安装biomaRt时遇到的问题

最近情绪低迷,研究进度缓慢,昨天下载biomaRt弄了一晚上没有弄好,结果今天耐着性子看报错,在网上查资料不到半小时就好了。所以,出错了光干着急没用的,还是要找问题的根源。 记录一下解决过程,最开始是下载biomaRt包出现的错误 但是在加载这个包的时候,出现了这样的问题 错误: package or namespace load failed for ‘biomaRt’ in loadN

R包安装biomart报错:package or namespace load failed for “biomaRt“:.onLoad failed in loadNamespace() for

安装R包Diffbind报以上错误,但是没有找到解决方法,使用root权限最后稀里糊涂安装上了,但是不知道是啥原因,求大神解答!

【生信笔记】Emsenbl的BioMart工具:对RNA进行多种ID批量转换

大家好我是lotusng,本期blog我跟大家分享一个RNA的ID转换方法:利用Emsenbl的BioMart工具。 众所周知(?),Emsenbl网站提供了多种物种的多种DNA与RNA的序列等信息,其实Emsenbl还有一个功能很强大的RNA 在线ID转换工具BioMart,我来安利一下~ Emsenbl的BioMart工具: http://asia.ensembl.org/biomart/

Biomart gene_ID_mapping教程

http://www.ensembl.org/biomart/martview 1.Dataset选择 2.Filters(过滤和输入) 提交有Gene ID的文件 3.Attributes选择输出的参数(期待的输出参数) 4.Count可以看到匹配的基因数量(我原本的文件就是947个gene id) 5.Results输出结果(可导出文件)

R与bioconductor--ExpressionSet SummarizedExperiment GEOquery biomaRt S4-Classes S4-Methods

博主自学了coursera上来自约翰霍普金斯大学<使用Bioconductor分析基因组科学数据>,很不错,推荐给大家 ExpressionSet Overview ExpressionSet -Expression Matrix -Phenotype data Feature data eSet:仅仅是有多个Expression Matrix E