bioconductor专题

「Bioconductor」不要轻易相信AnnotationHub的物种注释包

Bioconductor开发的物种注释包系列集合了一个物种不同来源的注释信息,能够根据基因ID对其进行多种来源的注释,比如说基因的别名,基因的功能等。 我之前也写过一篇文章用Bioconductor对基因组注释介绍如何使用AnnotationHub下载注释数据库, 使用select(), mapIds等函数进行注释操作。我自己写一个流程也用到了它给基因ID, 如AT1G14185, 注释别名和功

R语言Bioconductor安装全流程

R语言Bioconductor安装全流程 作为一只生物狗,R语言对于生物数据分析真的很重要!如果你翻翻生物专业研究生的朋友圈,你的感觉一定是: 满世界都在学R语言;满世界都在吐槽R包难装! 下面给大家分享一下bioconductor包的安装全过程,算是轻度排雷。 准备_Rtools的安装 首先我们必须清楚Bioconductor和R是具有版本对应关系的!我们在着手安装Bioconduct

NGS项目六:R语言与Bioconductor分析affymetrix芯片

6.1 数据输入与预处理 从数据包CLL中载入芯片数据,完成预处理 在bioConductor使用RMA算法预处理基因芯片原始数据。首先,去http://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx下载一些示例数据文件下来。这里,使用Arabidopsis-AGAGCC数据示例。我们先把下载下来的文件解压后拷贝A

R与bioconductor--ExpressionSet SummarizedExperiment GEOquery biomaRt S4-Classes S4-Methods

博主自学了coursera上来自约翰霍普金斯大学<使用Bioconductor分析基因组科学数据>,很不错,推荐给大家 ExpressionSet Overview ExpressionSet -Expression Matrix -Phenotype data Feature data eSet:仅仅是有多个Expression Matrix E