对接完整步骤具体操作 设置工作目录 保证工作目录下必须要有这五个文件： 对蛋白质的操作 打开蛋白质 去水，结构周围的小红点。 加氢 将蛋白质设为受体 点击确定进行保存 进行下一步小分子 小分子具体操作 打开小分子 对小分子进行加氢 将小分子设定为配体 检测扭转键以及其中心 导出为

速度vs精度：在AutoDock Vina中，不同对接盒子Box Size 、 Exhaustiveness对配体姿势精度的影响 介绍： 在Autodock Vina的中，用户需要提供两个关键的相关参数: 1)盒子大小（Box Size），即对接搜索空间的大小; 2)Exhaustiveness，即从随机配体结构开始的独立运行的数量(每一次运行都由连续的局部优化步骤组成，其中包括对评分

1.文件准备         在进行对接前，我们必须保证在工作目录中有这五个文件。其中hsg表示受体，ind表示配体。 2.导入作为受体分子的pdb文件、去游离O原子(水)、加H原子，保存为pdbqt文件         1>选择File-->Read Molecule        将工作目录下的pdb文件导入         2>选择Edit-->Delete Water

一．首先安装MGLtools，autogrid4,和autodock4 1)安装MGLtools： 在www.mgltools.scripps.edu/downloads下载mgltools_Linux-x86_1.5.6_Install(这个是32位的，mgltools_Linux-x86_64_1.5.6_Install则是64位的) 双击mgltools_Linux-x86_1.5.6_I

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目录 1. 介绍2. 安装SailVina2.1.使用Python运行2.2 直接运行exe程序 3. 对接常用操作教程3.1 获取受体3.1.1 通过SailVina进行获取3.1.2 从pdb网站获取 3.2 准备受体3.2.1 使用SailVina自动准备受体3.2.2 使用ADT手动准备受体 3.3 准备对接位点3.3.1 使用SailVina根据受体中共晶的配体来自动生成对接位点3

AutoDock Vina是用于分子对接和虚拟筛选的开源程序，由Scripps研究所分子图形实验室的Oleg Trott博士设计和实现，是目前使用最为广泛的分子对接软件之一。 分子对接技术，作为计算机辅助药物设计（Computer Aided Drug Design，CADD）的重要方法，已广泛应用于药物发现阶段的早期虚拟筛选、药物分子设计、先导化合物优化、药物潜在作用靶点发现、药物-靶点相互

AutoDock Vina 1.2.0 对接计算（大批量） AutoDockVina 1.2.0 的示例应用：A) 对接多个配体 (PDB 5x72)；B) 使用 AutoDock4 (PDB 4ykq) 的水合对接方案与水分子对接；C)在锌存在的情况下使用 AutoDock4Zn 力场 (PDB 1s63)； D) 柔性大环化合物。 1. AutoDock Vina 1.2.0 简介