Autodock的基本使用步骤

 1.文件准备

        在进行对接前，我们必须保证在工作目录中有这五个文件。其中hsg表示受体，ind表示配体。

2.导入作为受体分子的pdb文件、去游离O原子(水)、加H原子，保存为pdbqt文件

        1>选择File-->Read Molecule        将工作目录下的pdb文件导入

        2>选择Edit-->Delete Water        将水分子去除

        3>选择Edit-->Hydrogens-->Add-->OK        对残基加上H原子

        4>选择Grid-->Macromolecule-->Choose        将处理好的构象选择为受体，保存为作为受体的pdbqt文件，在此步骤中auto dock对受体分子进行电荷计算

3.处理小分子配体pdb文件，保存为pdbqt文件

        1>Edit-->Hydrogens-->Add-->OK        进行加H原子操作

        2>ligand-->input-->choose        保存配体的pdbqt文件(这一步完成自动添加gasteiger电荷(修改原子类型)、合并非极性的H原子和检查结构的可扭转键。(在预览窗里结构的H数量减少)

        3>Ligand-->Torsion Tree--> Detect Root 以及Ligand-->Torsion Tree--> Choose Torsion       检查配体分子的所有扭转键，方便之后查找配体的不同构象

前者找到这个结构的中心root，后者使用后，不可扭转的键为红色，可扭转的键为绿色，表示酰胺键为粉色

        4>按住shift键，对粉色键进行点击，可将其转变为绿色的可旋转键，对绿色键可以做这个操作，红色键不行        调整可旋转键的位置和个数

        5>Ligand-->Output-->Save as PDBQT        进行pdbqt文件保存

4.导入受体和配体的pdbqt文件

        1>选择Grid-->Macromolecule-->Open        打开准备好的受体的pdbqqt文件，对弹出选择Yes

        2>选择Grid-->Set Map Types-->Open Ligand        打开准备的配体的pdbqt文件

 5.设置工作盒子

        1>在预览窗里出现一个三色盒子，在弹窗来修改盒子的3轴，让盒子包围受体和配体，也可以只是包围配体和活性位点将小分子拖到盒子外

        2>选择DejaVu GUI 打开新弹窗

        2>在上面的红框内，取消mouse transforms apply to "root" object only 选择,点击下方红框内的ligand将指定鼠标的操作对象

        3>鼠标左键进行旋转，右键进行移动，滑轮进行缩放。右键预览窗里配体移出盒子,原先取消mouse transforms apply to "root" object only 重新勾选，关闭弹窗

6.保存调整好的盒子为gpf文件

        1>选择File-->Close saving current

        2>选择Gird-->Output-->Save GPF        进行文件命名和保存

        3>选择run--Run AutoGrid        打开新的弹窗,注意工作目录，在Parameter Filename选择wd里的保存的gpf文件，会在下面的Log Filename建立同名glg文件

7.进行分子对接计算，结果查看和保存

        1>进行半柔性对接，所以作为受体的大分子是刚性的（Rigid）

        2>选择作为对接配体的pdbqt文件，弹窗中选择accept

        3>选择合适算法

        Docking-->Search Parameters -->Genetic Algorithm -->打开的弹窗中选择Accept

        Docking-->Docking Parameters-->打开的弹窗里选择Accept

        Docking-->Output-->Lamarckian GA 4.2,,-->定义dpf文件名，作为对接结果的保存文件

Number of GA Runs    表示我们对接多少次，默认为0次，官方建议对接50次以上。
Maximum Number of evals 和Maximum Number of generations 值可以设置大一些，从而获得较优构象，但值越大，后面运行AutoDock的时间会越长

        4>Run-->RunAutoDock-->弹窗里确保工作目录正确，brower定义的dpf文件，选择launch

同样等待弹窗自动消失        运行Dock计算

        5.查看计算完成得到的对接构象

         Analyze-->Dockings-->Open...,打开计算完成的dlg文件,读取获取的前10个对接构象

        Analyze-->Macromolecule-->Open..自动打开对应的受体大分子

        Analyze-->Conformations-->Played,ranked  by energy...，打开一个播放10个构象的弹窗      

                ①点击播放10个构象，构象的顺序是按结合能从小到大排列

                ②点击打开查看H键等信息的弹窗

                         ①选择show info        查看该构象结合能的大小和各个能量的贡献和形成H键的个数和对应的残基原子

                         ②选择build H-bonds        勾选后在结构显示窗里可视化H键

         6>对对接结果进行保存

                ①选择结合能最小的对接结果

                ②点击Write Complex按钮，对第1个对接构象保存为pdbqt文件

8.对接结果是否可靠的判断

         用文本文档软件打开我们的dlg文件

1>文件头部是使用的软件版本等信息，然后是程序运行的一些参数记录
2>FINAL GENETIC ALGORITHM DOCKED STATE往下是我们的对接结果，如果不是用GENETIC ALGORITHM DOCKED，该出名称不一样，结果中，Run = 1是第一次对接的结果
3>在CLUSTERING HISTOGRAM处会看见一个表。10个运行结果统计在这里表示

       上面一直说的结合能的单位是kcal/mol，kj/mol是标准单位，1KCal等于4.184KJ。kj/mol是焓的单位。因为焓是一个状态函数，所以某物质所含的能量是随摩尔质量的改变而改变的，物质的量的单位是mol，能量的单位是J，所以焓的单位就是J/mol或者kJ/mol。如果结合能小于-1.2kcal/mol或者小于-5kj/mol，那么我们认为对接结果是可行的