atcg专题

绘生信技能41 - Matplotlib绘制测序Fastq数据ATCG碱基分布图

输入文件数据 sample_id sample_name cycle_num A_ratio C_ratio G_ratio T_ratio N_ratio Q24B2807-01 XXZ 1 0.229 0.334 0.3 0.123 0.014 Q24B2807-01 XXZ 2 0.251 0.32 0.254 0.157 0.018 Q24B2807-01 XXZ 3 0.296 0.2

【plink】如何把基因型数据ATCG格式转换为012之一 --recodeA

plink官网:Data management - PLINK 1.9 命令:将基因型数据转化为012的raw格式 plink --file DD --recodeA --out DD_test_A#结果文件 DD_test_A.raw 查看具体说明: --recodeA  : snp的major变为了0, snp的minor变为了2, 杂合变为了1. 具体查看: pli